对于MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq这3种方法,尽管它们功能强大,但这些方法需要数以百万计的细胞作为起始材料,涉及复杂且耗时的样品制备过程,并且不能同时检测核小体定位、染色质可及性和TF结合的相互作用。这些限制使得这些方法具有一些缺点: 1、目前的方法会平均和“掩盖”细胞群的异质性; 2、细胞通常必须在体外...
首先是样本制备,和常规技术如转录组、Lnc等的样本制备略微不同,ATAC-seq技术需要的样本建议使用梯度降温法进行冻存,我们以细胞样本为例: 1细胞类型:常见的悬浮细胞系正常离心收集弃去培养基即可使用;而对于大部分贴壁细胞系来说,按照常规流程使用胰蛋白酶消化后得到细胞悬液也可正常进...
ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一,其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座,转座成功的DNA被加上测序用接头序列,通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析,染色质开放区域会产生测序reads,而染色质紧缩区域则无测序reads产生:染色质开放程度越高,其测序信号越强。图 ATAC-seq概述(Buen...
主页> 问答中心> 单细胞分析FAQ汇总> 如何制备ATAC-Seq的样品? 样品类型:冷冻保存的细胞 推荐量:3管,每管500μL,至少含50万个细胞 最小量:3管,每管500μL,至少含10万个细胞 缓冲液:冷冻保存培养基(例如添加10%二甲基亚砜的细胞培养基) 装运方式:干冰 样品类型:冷冻植物组织 样品量:可装满微型离心管就足...
ATAC-seq 是检测全基因组染色质开放区的方法,高活性的 Tn5 转座酶可以在片段化染色质开放区 DNA 序列的同时进行标记,与其他方法相比,ATAC-seq 所需的样品制备时间更短,样本起始量更少。随着单细胞生物学的出现以及与其他组学技术测序技术相适应和发展,从单细胞水平进行染色质可及性研究成为可能,但 scATAC-seq 数...
ATAC-seq文库制备步骤: 1.细胞或组织样品的获取: 要进行ATAC-seq分析,首先需要获得待测样品。通常使用冻存的细胞或组织样品,但也可以使用新鲜的样品。对于细胞样品,可以通过洗涤和离心的方法来分离细胞。对于组织样品,通常需要进行机械分散或胶原酶处理来获得单个细胞。对于某些特殊类型的组织,可能需要额外的步骤来获取...
ATAC-seq通过使用过度活跃的Tn5转座酶探测开放染色质来识别可访问的DNA区域,该转座酶将测序适配器插入基因组的开放区域。然后,测序读数可用于推断染色质可及性增加的区域,以及绘制转录因子结合区域和核小体位置的图谱。ATAC-seq工作流程有五个主要步骤:样品制备、转座、文库制备、测序和数据分析。大致如下:...
经常出现的关键词被分为三组(图2B),蓝色组(方法发展)专注于ATAC-seq在分子水平的方法和应用,如DNA可及性、增强子和转录因子;绿色组(数据分析)重点在ATAC-seq的方案和流程,从上游测序到下游数据分析,如样品制备、实验方案和数据分析;红色组(表型研究)聚焦于实际应用,比如基因、调控、通路和疾病。表型研究的组群...
ATAC-seq建库过程简单快捷,所需细胞数目少,而且可以在很高的分辨率下解释染色质结构。同时,建库过程也不包含任何的片段长度筛选,可以同时检测开放的DNA区域和被核小体占据的区域。据悉,我国伯豪生物自主研发的临床样本保存液完美实现样本处理后...