针对ATAC-seq数据,要求必须有2次或更多次生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评价重复样本的重复性的好坏?如何得到一致性的peaks? 上面的几个问题是不是又给小伙伴们整晕了呢? 下面小云教大家使用IDR来处理AT...
2. 动物组织样本 (1)取下新鲜组织,立即剔除结缔组织和脂肪等杂质; (2)将组织样本转移至新的离心管中,用预冷的PBS漂洗,直至将组织表面的残留血液冲洗干净; (3)用无尘纸擦干水分,如果组织体积较大,应在冰上将组织切成小块,约50 mg/份,之后置于冻存管内; (4)将冻存管迅速置于液氮中冷冻30 mins,然后转移至...
2_peaks.narrowPeak.sorted.bed, 3_peaks.narrowPeak.sorted.bed。 2.加载R包,没有的话,提前安装 library(ChIPseeker) library(ChIPpeakAnno) library(GenomicFeatures) 3.样本重复性venn图制作(和制作普通的维恩图不太一样,看清楚哦) setwd("yourpath") gff3<-"yourpath/xx.gff3" txdb <- makeTxDbFromGFF...
首先,读取样本的atac-seq数据,并将其比对到参考基因组上,寻找出开放染色质位点富集的特征峰和峰顶点的位置信息;然后,以峰顶点为中心分别向左右两侧延展100bp,延伸后的数据中,每一个dna序列的中心均为峰顶点;最后,将dna序列提取出来并去掉其中重复的序列得到dna短序列,并按照提取的次序对dna短序列编号,dna短序列的...
atac-seq技术的核心是通过转座子将开放的染色质区域进行标记,因此转座子的插入效率直接影响到实验结果的可信度。在进行样本文库构建时,需要对转座子的插入效率进行评估,通常可以通过PCR扩增和定量PCR等方法进行。 3. 文库大小选择 文库大小选择的合理性对于atac-seq实验的结果有着重要的影响。文库大小的选择应基于研究...
ATAC-seq植物组织样本要求植物组织样本送样要求 1.样本制备 1)采集前用ddH20洗去组织表面泥土等杂质,吸干。 2)将组织装入事先做好标记的离心管中,立即液氮速冻2min,-80℃保存。 如没有液氮,也可以立即在干冰上放置15min,-80℃保存。 注:请同时在管盖和管壁上标记样品信息,并且标记清晰。 为避免管子在运输...
cellranger-atac aggr管道生成输出文件,其中包含来自各个输入jobs的所有数据,并合并为单个输出文件,以便进行方便的多样本分析。每个barcode的GEM well后缀被更新以防止条形码冲突,如下所述。 cellranger-atac aggr生成的每个输出文件都遵循文档的“理...
近日,Genome Research在线发表了中国科学院上海生科院营养健康研究所计算生物学重点实验室(马普伙伴计算生物学研究所)邵振课题组的方法学论文MAnorm2 for quantitatively comparing groups of ChIP-seq samples,报道了其开发的新一代MAnorm2...
摘要 本发明涉及应用于组织样本中染色体开放结合区域定位的ATAC-seq方法,包括细胞悬液制备、转座反应与纯化、去除杂质、PCR扩增、高通量测序、概率检测。该方法采用转座酶法进行DNA片段化,将繁琐的DNA片段化、末端修复和接头连接反应等步骤变为一步简单的酶促反应,缩短实验时间。可以快速的得到调控的多维信息,比其他方...
下列说法正确的是( ) A、DNA-seq利用DNase I 切割样本染色质开放区域 B、DNase I利用其内切酶活性水解磷酸二酯键从而切断双链DNA; C、FAIRE-seq利用甲醛固定染色质后,经超声片段化并使用苯酚-氯仿分离DNA片段 D、ATAC-seq利用Tn5转座子切割样本总的染色质开放区域并