单细胞ATAC-seq的数据格式通常包括以下几个部分:1. **FASTQ格式**:原始测序数据通常以FASTQ格式存储,包含测序读段(reads)的序列信息和相应的质量评分。每个细胞都有一个对应的FASTQ文件。2. **BAM格式**:经过质量过滤、比对到参考基因组后的数据通常存储为BAM格式。BAM文件包含了每个读段在基因组上的位置信息以及...
第一个数据集来自原始ATACseq 论文。我们将使用ATACseq_50k_Rep2示例GEO - GSM1155958可以从ENA以FASTQ格式获取数据。 SAMN02192806 - [here](https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/SAMN02192806“SAMN02192806”) 4.2. data_2 对于第二个数据集,我们将UCSD的Bing Ren生成的ATACseq作为ENCODE联盟的一部分。
接下来就是ATAC-seq的数据分析了。 首先拿到fq文件之后,我们首先需要对其进行过滤: fastp -i fq1 -I fq2 -o out1 -O out2 -w 16 建议大家使用fastp的默认参数,因为ATAC-seq的片段长度只有50bp左右。因此很多公司给的clean data是150bp的话是不合理的,可能会导致很多信息被漏掉(这是我掉的坑)。 拿到过滤...
"XN", "XM", "XO", "XG", "NM", "MD", "YS", "YT")## files will be output into outPathoutPath <- "splited"dir.create(outPath)## shift the coordinates of 5'ends of alignments in the bam filelibrary(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)seqlev <- "chr1" ## subsample data for quick ...
lane1_reverse_unpaired.fq.gzILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:25 结果发现,使用以上参数有三个文件中的数据100%被过滤掉了,但是其他数据draped率不超2%,个人推测trimmomatic参数设置过于严格不适合我的短片段数据。
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是由斯坦福大学William J.Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
ArchR主要接受scATAC-seq原始数据的两种常见输出格式：BAM文件和fragment文件。BAM文件是二进制格式下的排序文件，记录了片段、原始数据和细胞条形码等信息。fragment文件记录了片段以及对应的细胞ID。选择何种文件取决于上游处理流程，例如10XGenomics的CellRanger软件输出的是fragment文件，而sci-ATAC-seq流程则输出...
ArchR主要以scATAC-seq原始数据经上游处理后的两种常见输出文件(BAM, fragment)作为输入。Fragment文件记录着scATAC-seq的fragment以及对应的细胞ID,每一行都是一条记录,该文件需要是tabix(见注1)排序并建立索引保证能被高效读取。BAM文件则是二进制格式下的tabix排序文件,记录着scATAC-seq的fragment、原始数据、细胞条形码...
基因课-【9天大课】ChIP-seq 与 ATAC-seq 数据分析课程, 视频播放量 2、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 v充满困惑, 作者简介 ,相关视频:倪海厦国学:《四柱命卦》31集全(高清字幕版)!,七上的这道解一元一次方程,你能做出来算我