一、表观组学必备—peak峰图 m6A-seq、ATAC-seq、RIP-seq等表观类研究中,标准化的流程分析筛选出组间差异peak所在区域以及相关基因,那么该如何直观表现基因被甲基化修饰的程度或蛋白结合的程度呢?peak峰图是一类常见的可视化方法。 Peak峰图中,每个轨道展示对应样本的reads分布,底部通常为目标基因结构注释轨道,对比IP...
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peaks的差异主要是两个思路,使用韦恩图展现有无peaks的差异,另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了,有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析,不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析,让我们一起看看距离2013年的ATAC-se...
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peaks的差异主要是两个思路,使用韦恩图展现有无peaks的差异,另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了,有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析,不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析,让我们一起看看距离2013年的ATAC-se...
下面的说法来自实验室刚毕业的一个七年的博士(仅代表其个人看法):ChIP-seq通常用DESeq2来获取differential peaks。而对于ATAC-seq,可以使用DESeq2,也可以用DiffBind。当然在这个DiffBind文档里,官方也使用了这个包来进行ChIP-seq差异peak的分析,所以到底使用哪种方法还是看自己的经验和分析出的结果能不能通过实验的验...
随后可以用Gene Ontology(GO)、KEGG和Reactome等数据库做Peak关联基因功能富集分析。ChIPseeker和ChIPpeakAnno软件都具有可视化功能。 目前还没有专门为ATAC-seq开发的差异Peak分析软件。差异Peak分析首先通过寻找候选区域(共有Peak或根据bin划分的基因组),然后进行标准化,再...
ATAC数据可视化 一、bam to peak 假设我们已经得到了bam文件,接下来首先使用MACS2计算的peak,代码非常简单,如下: macs2 callpeak -t bamfile1 bamfile2... -n output_file -g mm -f BAM --nomodel --shift -100 --extsize 200 二、Make Atlas ...
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：1.准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。2.创建样本表：在DiffBind中，你需要创建一个样本表（通常是CSV或者Excel格式），包含样本...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
csaw 进行差异 Peak 分析 MEME suite 进行 motif 检测和富集 ChIPseeker 进行注释和可视化 HMMRATAC 进行核小体检测 HINT-ATAC 进行足迹分析 结合转录组测序 可以看到是3个分组,共6个样品: GSM1921004 Ctrli_rep1_RNAseq GSM1921005 Ctrli_rep2_RNAseq ...
最后,Cicero在用户定义的距离内的每对可及peak之间提供了一个介于-1到1之间的“Cicero可及性”分数,数值越大表示可及性越高。 此外,Cicero包提供了一个扩展工具包,用于使用Monocle 3提供的框架分析单细胞ATAC-seq实验。概述了使用Cicero的单细胞ATAC-Seq分析工作流程。