5、ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简便，而且只需要很少的细胞/组织量，同时测序信号更加好。6、单细胞测序技术是近几年研究的热点，通过对单细胞的测序能够将表观遗传学研究个体化。常见的ChIP-seq、DNase-seq、MNase-seq等技术无法进行单细胞测序，而ATAC-seq经过实验验证是可以...
ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的 DNA(DNA可极性)。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。 与其他技术相比,ATACseq 有几个优点,包括: 所需输入材料少(> 10,000 个细胞) 实验所需时间短(约 4 小时) ATACseq 2. ...
ATAC-seq 适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag ...
ATAC-seq和ChIP-seq具有高度的一致性和互补性。联合ATAC-seq和ChIP-seq可以探索蛋白调控基因表达的机制,为识别转录起始调控因子引起的转录差异提供了可能。ATAC-seq和ChIP-seq可以联合决定特异RNA表达水平的RNA-seq,提供基因表达调控的统一图谱。目前,多组学联合为揭示基因组功能特征提供了强有力的手段,揭示了生物学前沿...
ATAC-seq的优点:Tn5转座酶的高活性使ATAC-seq成为一种简单,省时的方法,而且只需要500-50,000个细胞。灵敏度和特异性与DNase-seq相当,优于FAIRE-seq。 2 ChIP-seq 与 ATAC-seq 的比较 峰形状的区别 Chip-seq与ATAC-seq 的 peaks 有着明显的区别,前者peaks是代表抗体结合转录因子的位点,后者peaks是代表Tn5转座...
ATAC-seq是一种高效探索染色质开放区的技术,适用于机制研究,探索信号通路、表型变化、疾病等与基因调控的相关性。并以其简便高效、重复性好等优点,成为研究染色质开放区的有效技术方法。 在表观遗传研究中,ATAC-seq能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过Open Chromatin区域和Motif分析寻找参与基因调控的转录因...
3.相比其他方法,ATAC-seq 有什么优点? 2013 年的那篇Nature Methods提出的 ATAC-seq,是作为 MNase-seq、FAIRE-seq 和 DNase-seq 的替代实验。相比于它们,ATAC-seq 具有以下明显优势: (1)样本需求量大大减少 需求的细胞量从 500 到 50,000,相比于其他实验动辄 10^7 个细胞的样本需求量,ATAC-seq 对细胞量...
ATAC-seq具有高效率和低细胞输入要求的优点，但是其对不同类型样品的适用性仍然受到限制。为扩展应用而...
由于其简单、快速和可重复性,ATAC-seq已迅速成为全基因组范围内染色质可及性分析的重要方法。与其他检测技术相比,ATAC-seq具有许多优点。 第一, 转座酶效率高。通过简单的酶反应就可以实现DNA的断裂、末端修复和接头连接反应,通常在不到2 h内就能够完成对10 000~20 000个细胞的处理。