ATAC-PCR can identify differences in gene expression as small as twofold, even from very small amounts of sample RNA. This technique is suitable for confirming results obtained with cDNA microarrays or differential display, and it can process more than a thousand of genes per day when used in...
1.取200ul PCR管,加入悬液(提前颠倒1.5ml管10次)70ul和荧光7ul染料,混匀后放在冰上待用; 2.取血球计数板两块,将PCR管中的悬液用剪口枪头吹打10次后,取15ul加到计数区,再盖上盖玻片,计数池两侧长棱上,用少量水(10ul左右)提前润湿; 3.在血球计数板上盖盖玻片,盖玻片两侧放在计数区两侧的棱上,使等高...
首先，研究人员通过亚细胞定位实验确定核纤层样蛋白OsNMCP1位于细胞核外周（图9a-l）。通过qRT-PCR分析表明，在脱落酸（Abscisic acid，ABA）和干旱胁迫处理后，OsNMCP1转录水平在叶和根组织中都有所增加（图9m-n）。此外，OsNMCP1特异性抗体的蛋白质印迹分析（WB）表明干旱胁迫下，叶片和根组织中OsNMCP1蛋白水平...
首先,研究人员通过亚细胞定位实验确定核纤层样蛋白OsNMCP1位于细胞核外周(图9a-l)。通过qRT-PCR分析表明,在脱落酸(Abscisic acid,ABA)和干旱胁迫处理后,OsNMCP1转录水平在叶和根组织中都有所增加(图9m-n)。此外,OsNMCP1特异性抗体的蛋白质印迹分析(WB)表明干旱胁迫下,叶片和根组织中OsNMCP1蛋白水平也增加(图9...
通过qRT-PCR分析表明,在脱落酸(Abscisic acid,ABA)和干旱胁迫处理后,OsNMCP1转录水平在叶和根组织中都有所增加(图9m-n)。此外,OsNMCP1特异性抗体的蛋白质印迹分析(WB)表明干旱胁迫下,叶片和根组织中OsNMCP1蛋白水平也增加(图9o)。这些结果表明,OsNMCP1响应干旱胁迫和ABA。
ATAC测序的原理是利用转座酶将开放的染色质区域特异地连接到测序接头,然后进行PCR扩增和高通量测序。 ATAC测序的步骤 ATAC测序通常包括以下步骤: 1.细胞或组织的准备:从感兴趣的细胞或组织中提取染色质,并进行细胞裂解。 2.转座反应:使用转座酶将开放的染色质区域连接到测序接头。转座酶通常是Tn5转座酶,它具有切割和...
于2013年发表在nature methods杂志上,引用多达2115次。作为ATAC的开篇之作,在文章中详细介绍了ATAC的原理及应用,分为了以下几个部分 1. ATAC的实验方法 ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列,经PCR扩增后进行NGS测序,实验流程如下图所示 相比DNase-seq, FAIRE-seq, 该技术要求的细胞起始量低,而且文库构...
ATAC-seq实验在pcr 的步骤忘记加入DNA聚合酶(TAE) 时间分别发生在中午吃完饭后1点(过磁珠),和晚上凌晨1点(ATAC-seq),属于做实验身体上疲惫和心态上着急导致的失误。 时间上的失误,早上7点到实验室,从老鼠到磨脾脏计数一直拖到了中午一点,时间花掉6h,其中主要是计数时间拖久了,因为计数过程中不放心所以反复确认...
PBC1和PBC2称之为PCR阻塞系数,和NRF不同,这两个系数通过基因组位置的个数来进行计算。将unique mapping reads比对上的基因组位置称之为M, 根据每个位置上比对上的序列数,称之为M1, M2等,示意如下 其中,PBC1为M1/M的值,PBC2为M1/M2的值。要计算以上几个指标,有一个很关键的步骤,就是从taotal mapping re...
ATAC-seq的核心在于，通过将转座酶携带的DNA接头注入细胞核，转座酶会识别并插入开放的染色质区域。这些片段随后被加上接头，利用接头序列进行PCR扩增，从而在全基因组上捕捉到那些处于开放状态的区域。这一技术的应用广泛且深入，例如：染色质开放区域图谱绘制：揭示基因活动的热点区域，理解基因表达调控的...