head(closest_genes_B_cells) 使用CoveragePlot函数对按聚类分组的任何基因组区域绘制覆盖图进行可视化展示。 CoveragePlot( object = rds, region = rownames(da_peaks)[1], extend.upstream = 40000, extend.downstream = 20000 ) 3.10 Motif analysis with Signac 什么是motif? Motif是一段典型的序列或者一个结...
我们同样可以利用CoveragePlot()函数,根据不同的细胞聚类、细胞类型或对象中存储的其他任何元数据信息,为特定的基因组区域绘制出分组的覆盖度图。这些覆盖度图实际上是伪批量的可访问性轨迹图,通过将同一组内所有细胞的信号进行平均,从而在视觉上展示出特定区域内DNA的可访问性情况。 # show cell types with at leas...
ngsplot也是一个画profiler图的利器。 第八步:peaks注释 参考老版本教程链接:CS3: peak注释 peaks区间注释分布 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN...
通过汇集每个样品中所有优质细胞的reads,对scATAC-seq样品中的染色质可及性变化进行分析。使用Signac中的TSSEnrichment函数生成转录起始位点的富集,CoveragePlot函数生成基于片段覆盖率的染色质可及性轨迹。使用ReactomePA评估Reactome通路的过表达。用Signac的逻辑回归模型来识别聚类中的差异可及区域,该模型根据每个基因来预测...
我们可以使用 CoveragePlot() 函数可视化这些链接,或者我们可以在交互式分析中使用 CoverageBrowser() 函数: idents.plot <- c("B naive", "B intermediate", "B memory", "CD14 Mono", "CD16 Mono", "CD8 TEM", "CD8 Naive") p1 <- CoveragePlot( ...
利用CoveragePlot()功能,我们可以同时观察基因表达和DNA可及性数据。这种方式便于对不同细胞类型在特定区域内的DNA开放性进行比较,并且能够将不同基因的表达情况叠加显示,以便于分析。 DefaultAssay(snare)<-"ATAC"CoveragePlot(snare,region="chr2-22620000-22660000",features="Gad2")...
cleandata/coverageATAC_1-2.bw \-R/public/home/sss/ss/ATAC/NIP.deptools.bed \--skipZeros \-o matrix1_test_TSS.gz \--outFileSortedRegions regions1_test_genes.bed## both plotHeatmap andplotProfile will use the output from computeMatrixplotHeatmap-m matrix1_test_TSS.gz-outtest_Heatmap....
利用CoveragePlot()功能,我们可以同时观察基因表达和DNA可及性数据。这种方式便于对不同细胞类型在特定区域内的DNA开放性进行比较,并且能够将不同基因的表达情况叠加显示,以便于分析。 DefaultAssay(snare) <- "ATAC" CoveragePlot(snare, region = "chr2-22620000-22660000", features = "Gad2") ...
我们可以使用 CoveragePlot() 函数可视化这些链接,或者我们可以在交互式分析中使用 CoverageBrowser() 函数: idents.plot<-c("B naive","B intermediate","B memory","CD14 Mono","CD16 Mono","CD8 TEM","CD8 Naive")p1<-CoveragePlot(object=pbmc,region="MS4A1",features="MS4A1",expression.assay="SCT...
我们可以使用 CoveragePlot() 函数可视化这些链接,或者我们可以在交互式分析中使用 CoverageBrowser() 函数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 idents.plot <- c("B naive", "B intermediate", "B memory", "CD14 Mono", "CD16 Mono", "CD8 TEM", "CD8 Naive") p1 <- CoveragePlot...