二、Aspera的下载和安装 在这里,小果推荐使用conda安装,因为这是最为简单方便的方法,具体的步骤如下: #激活conda环境 conda activate rna #安装apsera conda install -c hcc aspera-cli 按照上述的步骤,首先我们要先激活conda的环境,然后使用conda命令进行安装,如图所示,在出现了Proceed([y]/n)?,即是否继续安装时...
1.安装aspera Linux系统安装aspera当然最好使用conda啦。 `conda install -c hcc aspera-cli` 当然你也可以去aspera官网下安装包安装 有Windows/macOS/Linux版本可供下载 安装好了如何下载需要的文件呢?你需要获得SRR号。 EBI网站中可搜索项目号或者SRR号,如PRJEB1787,获得这个项目所有的SRR号。 获得PRJEB1787项目...
conda install -c hcc aspera-cli ② 官网安装包下载安装 参照:Aspera:基因组数据高速下载利器,以NCBI和EBI数据下载为例 官网下载地址:ibm.com/aspera/connect/ 首先需要进入上面的aspera 下载地址,获取linux版本的下载链接,再运行以下代码: # 下载 wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect...
执行conda的安装两个软件(kingfisher和aspera),是如下所示的代码: mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list # 重启terminal: mamba activate kingfisher mamba install -c bioconda kingfisher mamba create -n download mamba activate download mamba install -y -c hcc aspera-cli whichascp #...
conda 安装 在Linux上安装Aspera,方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda),在需要安装的环境下输入以下命令进行安装: $ conda install-c hcc aspera-cli-y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功$ ascp-h 查找密钥(下面使用会用到)
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
conda 安装# 在Linux上安装Aspera,方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda),在需要安装的环境下输入以下命令进行安装: $conda install-chcc aspera-cli-y 查看是否安装成功 # 有输出帮助文档则安装成功$ascp -h 查找密钥(下面使用会用到)
#激活conda环境conda activate rna#安装apseraconda install -c hcc aspera-cli 按照上述的步骤,首先我们要先激活conda的环境,然后使用conda命令进行安装,如图所示,在出现了Proceed([y]/n)?,即是否继续安装时候,输入"y"字符,即可继续安装。 在这里需要注意的是安装完成后需打开提供的链接点击“submit”,同意软件条款...
老规矩,conda解决一切依赖 condainstall-y -c hcc aspera-cli condainstall-y -c bioconda sra-tools 然后prefetch下载数据 /SRR5907429prefetch SRR5907429 可以看到速度很可怜: 一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ...
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。