【ARGs-OAP v3.0——抗生素抗性基因数据库的更新和分析流程升级 | Engineering】(殷晓乐,郑夏婉 等)由抗生素抗性基因(ARG)编码的抗生素抗性激增,对全球公共卫生构成日益严重的威胁。随着技术的进步,特别是在宏基因组测序的普及方面,科学家们已经获得了高速解读不同样本中ARG谱的能力。为了以高通量的方式分析数千个ARG...
ARGs-OAP使用流程 苏生シ 编辑于 2024年05月17日 23:20 GitHub链接:https://github.com/xinehc/args_oap 一、安装 1.创建虚拟环境 conda create -n args_oap 2.激活环境 conda activate args_oap 3.安装 conda install -c bioconda args_oap 后两步...
ARGs-OAP proto的GitHub地址 GitHub - xinehc/args_oap: ARGs-OAP: Online Analysis Pipeline for Antibiotic Resistance Genes Detection from Metagenomic Data Using an Integrated Structured ARG Databasegithub.com/xinehc/args_oap 基础知识介绍 ARGs是一种新型、持久性的环境污染物,细菌中携带ARGs的质粒、整...
ARGs-OAP是一个抗生素抗性基因分析平台、在线分析工具。 ARGs-OAP可以从宏基因组数据集中快速鉴定并定量分析抗生素抗性基因。 ARGs-OAP中包含一个结构化ARG数据库SARG(type--subtype--reference sequence)。 ARGs-OAP 1.0版包括CARD及ARDB数据库的序列, 2.0版新纳入了NCBI-NR数据库中的ARG序列。 使用ARGs-OAP 进行注...
抗生素抗性基因(Antibiotics resistance genes,ARGs)是指存在于细菌或其他微生物基因组中对抗生素具有抵抗能力的一类基因。这些基因编码了一系列的蛋白质或其他分子机制,使细菌能够对抗生素产生耐药性。ARGs-OAP(https://smile.hku.hk/SARGs)是一个抗生素抗性基因分析平台、在线分析工具,可以基于宏基因组双端序列,对ARG...
ARGs-OAP是由香港大学尹晓乐开发的基于SARG2.0的,对环境和样本中的antibiotic resistance gene进行检测和量化的工具。 SARG2.0 将抗生素抗性基因的划分分为了三个层次:1type: 24个大类。2subtype:1244个。3Gene:12085个。ARGsOAP使用预先建立好的hmm的ARG模型,进行ARG基因预测。
ARGs-OAP耐药基因检测分工具微生物数据分析云平台 微生物数据分析云平台（https://analysis.mypathogen.org）是由中国疾病预防控制中心传染病预防控 制所构建，致力于为疾控系统用户提供准确、高效、安全的可视化分析工具，以提升疾控领域大数据 的利用。目前，微生物数据分析云平台已开放35+个信息分析流程，覆盖了高通量...
ARGs-OAP2.0耐药基因检测分析工作流 以宏基因组原始测序结果为起点,以耐药基因的结构化数据库为依托,进行环境样品中耐药基因的多维信息挖掘,包括定性分析:耐药基因的分类鉴定;定量分析:耐药基因的丰度测量,并且附加宏基因组中细胞数的鉴定以及16S rRNA拷贝数鉴定,进一步对不同表型、基因型的耐药基因丰度进行划归;可视化分...
args-oap English answer: What is the genetic basis of args-oap? AGS-OAP is caused by mutations in the FGF23 gene. FGF23 is a protein that helps to regulate phosphate levels in the body. Mutations in the FGF23 gene can lead to increased levels of phosphate in the blood, which can ...
git clone https://github.com/xinehc/args_oap.gitcdargs_oap python setup.py install#use python3 if needed Example Two example fasta files (100k paired-end reads, 100 bp each) can be foundhere. The zipped file can be downloaded manually or usingwget: ...