【ARGs-OAP v3.0——抗生素抗性基因数据库的更新和分析流程升级 | Engineering】(殷晓乐,郑夏婉 等)由抗生素抗性基因(ARG)编码的抗生素抗性激增,对全球公共卫生构成日益严重的威胁。随着技术的进步,特别是在宏基因组测序的普及方面,科学家们已经获得了高速解读不同样本中ARG谱的能力。为了以高通量的方式分析数千个ARG...
GitHub链接:https://github.com/xinehc/args_oap 一、安装 1.创建虚拟环境 conda create -n args_oap 2.激活环境 conda activate args_oap 3.安装 conda install -c bioconda args_oap 后两步 二、使用 前言:示例文件来自GitHub中的链接,需要科学上网下载。如果需要可以私信。
ARGs-OAP proto的GitHub地址 GitHub - xinehc/args_oap: ARGs-OAP: Online Analysis Pipeline for Antibiotic Resistance Genes Detection from Metagenomic Data Using an Integrated Structured ARG Databasegithub.com/xinehc/args_oap 基础知识介绍 ARGs是一种新型、持久性的环境污染物,细菌中携带ARGs的质粒、整...
#方法一:通过conda安装 condacreate-n args_oap -c bioconda -c conda-forge args_oap condaactivateargs_oap #方法二:源码安装 #需要依赖:python>=3.7、diamond>=2.0.15、bwa>=0.7.17、blast>=2.12, samtools>=1.15 gitclonehttps://github.com/xinehc/args_oap.git cd args_oap python setup.pyinstall ...
ARGs_OAP_v2.0(步骤1):https://github.com/biofuture/Ublastx_stageone ARGs-OAP在线分析网站(步骤2):http://smile.hku.hk/SARGs 无处不在的抗性基因 图片.png 环境中抗生素抗性基因(ARGs)的来源: 随机突变或表达潜在抗性基因等方式使细菌体内基因组上存在的抗性基因原型、准抗性基因或潜在抗性基因被表达出来,...
ARGs-OAP是由香港大学尹晓乐开发的基于SARG2.0的,对环境和样本中的antibiotic resistance gene进行检测和量化的工具。 SARG2.0 将抗生素抗性基因的划分分为了三个层次:1type: 24个大类。2subtype:1244个。3Gene:12085个。ARGsOAP使用预先建立好的hmm的ARG模型,进行ARG基因预测。
1. ARGs-OAP(本地/在线) 地址: Galaxysmile.hku.hk/SARGs/# 输入格式:双端原始序列|双端质控序列 特点:能够计算标准化丰度(ppm、16s标准化、细胞数量标准化) 数据库:SARGv2.2(ARDB+CARD+NCBI-NR) 结果:ARGs的丰度(type、subtype)(绝对丰度相对丰度)、序列比对结果 ...
ARGs-OAP耐药基因检测分工具微生物数据分析云平台 微生物数据分析云平台（https://analysis.mypathogen.org）是由中国疾病预防控制中心传染病预防控 制所构建，致力于为疾控系统用户提供准确、高效、安全的可视化分析工具，以提升疾控领域大数据 的利用。目前，微生物数据分析云平台已开放35+个信息分析流程，覆盖了高通量...
args-oap English answer: What is the genetic basis of args-oap? AGS-OAP is caused by mutations in the FGF23 gene. FGF23 is a protein that helps to regulate phosphate levels in the body. Mutations in the FGF23 gene can lead to increased levels of phosphate in the blood, which can ...
张彤教授团队不仅在环境分子生物学技术、宏基因组学技术等方面积累了丰富经验,在耐药领域,张彤教授团队开发了ARGs-OAP耐药基因检测分析工具,用于环境样品宏基因组测序数据中耐药基因的多维信息挖掘。在张彤教授、殷晓乐博士帮助下,我们已将ARGs-OAP 2.0成功部署到微生物数据分析云平台(https://analysis.),分析云平台的小...