【ARGs-OAP v3.0——抗生素抗性基因数据库的更新和分析流程升级 | Engineering】(殷晓乐,郑夏婉 等)由抗生素抗性基因(ARG)编码的抗生素抗性激增,对全球公共卫生构成日益严重的威胁。随着技术的进步,特别是在宏基因组测序的普及方面,科学家们已经获得了高速解读不同样本中ARG谱的能力。为了以高通量的方式分析数千个ARG...
extracted.filtered.fa 比对上数据库的序列; *_normalized_*.txt 标准化后的ARGs拷贝数;例如normalized_cell.type.txt表示根据细胞拷贝数标准化后的type定量结果;表格如下: 参考文献: Yang, Ying, et al. "ARGs-OAP: online analysis pipeline for antibiotic resistance genes detection from metagenomic data using ...
ARGs-OAP proto整合了两种抗性数据库,并结合NCBI-NR数据库中的ARG序列整合为SARGfam(structured antibiotic resistance genes database)数据库,基于隐马尔可夫模型(HMM)来鉴定组装序列,对ARGs基因进行定性定量,及subtype分类。
ARGs-OAP是一个抗生素抗性基因分析平台、在线分析工具。 ARGs-OAP可以从宏基因组数据集中快速鉴定并定量分析抗生素抗性基因。 ARGs-OAP中包含一个结构化ARG数据库SARG(type--subtype--reference sequence)。 ARGs-OAP 1.0版包括CARD及ARDB数据库的序列, 2.0版新纳入了NCBI-NR数据库中的ARG序列。 使用ARGs-OAP 进行注...
1. ARGs-OAP(本地/在线) 地址: Galaxysmile.hku.hk/SARGs/# 输入格式:双端原始序列|双端质控序列 特点:能够计算标准化丰度(ppm、16s标准化、细胞数量标准化) 数据库:SARGv2.2(ARDB+CARD+NCBI-NR) 结果:ARGs的丰度(type、subtype)(绝对丰度相对丰度)、序列比对结果 ...
ARGs-OAP2.0耐药基因检测分析工作流 以宏基因组原始测序结果为起点,以耐药基因的结构化数据库为依托,进行环境样品中耐药基因的多维信息挖掘,包括定性分析:耐药基因的分类鉴定;定量分析:耐药基因的丰度测量,并且附加宏基因组中细胞数的鉴定以及16S rRNA拷贝数鉴定,进一步对不同表型、基因型的耐药基因丰度进行划归;可视化分...
ARGs-OAP v2.0整合了CARD、ARDB以及NCBI NR库抗生素抗性基因数据,可以获得更完整全面的抗性基因数据。并且提供3种可供选择的标准化方法。这对于重点研究抗性基因的老师们来说,无疑是一款利器。 欧易生物拥有业内领先的微生物组学分析团队,可为广大科研工作者提供基于抗性基因分析的数据服务,分析流程如下: ...
ARGs-OAP2.0耐药基因检测分析工作流 以宏基因组原始测序结果为起点，以耐药基因的结构化数据库为依托，进行环境样品中耐 药基因的多维信息挖掘，包括定性分析：耐药基因的分类鉴定；定量分析：耐药基因的丰度测 量，并且附加宏基因组中细胞数的鉴定以及16S rRNA拷贝数鉴定，进一步对不同表型、基因型 的耐药基因丰度...
料）和海水微生物群落的宏基因组原始数据。I）通过UBLAST算法采用ARGs-OAP程序 （http://smile.hku.hk/SARGs)比对SARGs数据库（包含23类和1277个亚类ARGs）；II）将 宏基因组数据通过UBLAST算法，Perl平台比对Bacmet数据库（包含23种 MRGs，http://bacmet.biomedicine.gu.se/index.html）；III）满足如下条件（...
1、数据库 ARGs-OAP中包含一个结构化的ARG数据库SARG(type--subtype--gene, https://smile.hku.hk/ARGs/Indexing),整合了CARD、ARDB、NCBI-NR数据库中的ARG信息。 2、分析步骤 其分析主要分为两个步骤。 第一步骤:stage_one 16数和细胞数预估,得到metadata: ...