一、原理 ARGs-OAP中包含一个结构化的ARG数据库SARG(type--subtype--gene, https://smile.hku.hk/ARGs/Indexing),整合了CARD、ARDB、NCBI-NR数据库中的ARG信息。 二、分析步骤 其分析主要分为两个步骤。第一步骤:stage_one,包括16数和细胞数预估,得到metadata。这一步骤主要包括使用diamond/bwa进行序列比对,提...
【ARGs-OAP v3.0——抗生素抗性基因数据库的更新和分析流程升级 | Engineering】(殷晓乐,郑夏婉 等)由抗生素抗性基因(ARG)编码的抗生素抗性激增,对全球公共卫生构成日益严重的威胁。随着技术的进步,特别是在...