为了解析颠茄AbARF转录因子结构多样性和进化关系,结果如图2所示,AbARF蛋白由1～10个Motifs组成(图3为Motifs氨基酸分布情况),均含有B3结构域(Motif1/3/6和8),说明表明这4个基序在AbARF蛋白序列中分布最广、保守程度最高,也从侧面佐证了筛选出的41个AbARF转录因子均属于ARF基因家族成员。AbARF蛋白(除去AbARF16不...
为了解析颠茄AbARF转录因子结构多样性和进化关系,结果如图2所示,AbARF蛋白由1～10个Motifs组成(图3为Motifs氨基酸分布情况),均含有B3结构域(Motif1/3/6和8),说明表明这4个基序在AbARF蛋白序列中分布最广、保守程度最高,也从侧面佐证了筛选...
ARF 基因家族在植物生长发育中扮演重要 角色,影响植物对非生物胁迫的反应,但尚未有 研究鉴定和分析颠茄中的 ARF 基因(AbARF). 因此,我们对颠茄 ARF 基因家族进行了全基因 组鉴定和分析 ,运用最大似然法( ML)构建了系 统发育树,并使用系统发育方法将 ARF 基因分 类为不同的分支.分析了 AbARF 基因的基本组 ...
苹果生长素响应因子(ARF)基因家族全基因组鉴定及表达分析李慧峰*,冉昆*,何平,王海波,常源升,孙清荣,程来亮,李林光**山东省果树研究所,山东泰安271000摘要:生长素响应因子(auxinresponsefactor,ARF)基因在调控生长素响应基因和生长素信号转导途径以及其它多个生长发育过程具有重要作用。本研究利用BlastP程序比对并获得苹果...
生长素响应因子(auxinresponsefactor,ARt)基因在调控生长素响应基因和生长素信号转导途径以及其它多个生长发育过程具有重要作用.本研究利用BlastP程序比对并获得苹果ARF基因家族,通过DNAMAN6.0,MEGA5.0,WebLogo3,Maplnspect和MEME软件对苹果4尺,基因进行分析,采用RT-PCR技术研究基因组织表达情况.结果表明,苹果基因组存在...
1、通过DAP-seq技术分析ARF基因家族不同拷贝的结合位点差异,分析ARF结合位点间间隔的特征; 2、通过分析生长素处理与对照的基因表达(RNA-seq)情况,分析auxin响应基因的ARF结合位点特征; 3、通过ATAC-seq或MNase-seq技术检测四种玉米器官(根、叶、穗和雄蕊)的开放染色质特征,进一步分析ARF基因结合位点开放性特征。
本研究以谷子为材料,从谷子中鉴定出24个ARF基因并命名为SiARFs。利用生物信息学对谷子SiARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,SiARF基因家族在染色体上不均匀的分布,在除2号染色体外的其它染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。SiARFs基因...
1 谷子ARF 基因的鉴定及序列分析首先从 Pfam 数据库(http:/ / pfam. xfam. org / )中下载 ARF 家族的隐马氏模型文件(Pfam 号码: PF06507)[6],在Gramene(http:/ / . gramene. org / )中通过Pfam 号码进行相似性搜索,找到与谷子相关的基因ID 及相关蛋白序列,除去冗余,得到所需的无重复的基因、转录本...
转录组数据还显示,每个ARF基因均在玉米花序发育时期具有较高表达水平。为了探究玉米雌花序发育过程中ARF基因家族的表达模式,利用qRT-PCR技术对玉米ARF家族成员在雌花序不同发育时期的基因表达水平进行了检测。根据ARF基因的表达模式,可将这35个基因分成4类:第1类的15个ARF基因在小穗对原基(SPM)时期高表达;第2类的13...
1 材料和方法1.1GaARF基因家族的筛选及氨基酸序列属性分析以锦葵科亚洲棉为研究对象,亚洲棉全基因组数据来源于中国农业科学院棉花研究所CGP数据库(http://cgp.genomics.org.cn)。使用“BioEdit”软件将获得的亚洲棉全基因组氨基酸序列建立一个本地数据库,然后以拟南芥ARF蛋白序列作为Query序列与建立的亚洲棉氨基酸序列进...