基于基因组的次生代谢基因簇分析工具-Antismash 次生代谢是指生物合成生命非必需物质并储存次生代谢产物的过程。 就像牛因为结石反而结出牛黄,蚌因为进沙而孕出珍珠,次生代谢往往让我们看到令人惊叹的生物合成潜力; 在微生物中同样有大量以竞争为代价产生的“珍珠“,就是次生代谢产物,人们从次生代谢产物中予取予求,找...
Antismash是一个功能强大的生物信息学工具,它不仅能帮助我们快速识别和分析微生物基因组中的次级代谢产物合成基因簇,还能预测这些基因簇的生物合成途径。如果你正在研究抗生素、抗肿瘤药物或其他生物活性化合物,Antismash绝对值得一试。而且,它在Galaxy平台上(usegalaxy.cn)的集成,让你的操作更加简单方便,直接上传基因组数...
antiSMASH是目前寻找代谢基因簇最好的软件,一般情况下,参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列,基于指定类型的模型,可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中,将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。下面我们就来介绍一下使用方法。 操作...
### antiSMASH 分析指南 ### 一、引言 antiSMASH(Antibiotics and Secondary Metabolite Analysis Shell)是一款强大的生物信息学工具,专门用于分析和预测细菌和真菌基因组中的次生代谢物生物合成基因簇(BGCs)。这些基因簇通常编码产生抗生素、毒素和其他具有生物活性的小分子化合物。通过antiSMASH,研究人员可以快速识别和理解...
ANTISMASH利用计算机算法来分析基因组序列中的次级代谢产物基因簇。它首先会使用预训练的模型来识别基因组中的潜在基因簇,然后利用多种算法对这些基因簇进行进一步的分析和注释。这些算法包括拟合HMM(隐马尔可夫模型),识别保守的主要酶基因,预测次级代谢物的结构类型等。最后,ANTISMASH会生成详细的报告,其中包含关于基因簇中...
run_antismash.py chore: gracefully exit from SIGINT without stack traces Feb 16, 2024 setup.cfg genefunctions: refactor to allow for more variety in tool methods Nov 29, 2024 setup.py clusterblast: replace static SVG generation with dynamic generation ...
方法/步骤 1 打开Linux，下载anaconda或者miniconda并安装。2 添加biopython频道conda config --add channels defaultsconda config --add channels conda-forgeconda config --add channels bioconda 3 创建antismash环境并下载安装conda create -n antismash antismashsource activate antismashdownload-antismash-databasessource...
antiSMASH是一款顶尖的软件，用于发现代谢基因簇，尤其在生物合成酶基因簇中，基于特定模型，它能准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中，次级代谢基因簇被分为24类。使用antiSMASH需要准备一系列基础软件，包括ncbi-blast+、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。安装这些软件后，便可以启动antiSMASH，...
要用Conda安装AntiSMASH,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行终端: 你需要打开你的命令行终端。这取决于你的操作系统: 在Windows上,你可以使用Anaconda Prompt。 在macOS或Linux上,你可以打开你的终端应用。 输入安装命令: 在命令行终端中,输入以下命令来安装AntiSMASH: bash conda install -c bioconda antismash 这个...
Antismash是一个专门用于生物学研究的工具，特别是在微生物学领域。它主要通过分析基因序列来识别与次级代谢产物的生物合成有关的基因簇。在生物体中，次级代谢产物是生物体经过复杂生物化学反应过程产生的物质，它们具有丰富的多样性并具有一定的生物学活性。研究这些次级代谢产物及其合成途径对医药、农业、工业...