但是,对于非模式生物,由于通常缺乏良好的参考基因库,进行基因注释的过程就显得十分困难。此时,R包AnnotationHub提供了一种非常有效的解决方案。它能够轻松地检索非模式生物的注释信息,对过去在注释非模式生物基因时遇到的问题提供了有效的解决方式。 下面小果用玉米作为示范 下载AnnotationHub包并加载 BiocManager::install("...
对于模式生物，基因注释相对容易，因为它们有完善的数据库。但对于非模式生物，由于缺乏良好的参考基因库，基因注释变得困难。R包AnnotationHub提供了一种有效的解决方案，能够轻松检索非模式生物的注释信息。以下以玉米为例，介绍下载AnnotationHub包并获取非模式生物注释信息的方法。我们可以访问官方接口来获取信息...
问AnnotationHub安装‘Rcpp’1.0.6已经加载，但需要>= 1.0.7EN对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析，我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里，我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以及每种方法的一些优缺点。作者...
但是,对于非模式生物,由于通常缺乏良好的参考基因库,进行基因注释的过程就显得十分困难。此时,R包AnnotationHub提供了一种非常有效的解决方案。它能够轻松地检索非模式生物的注释信息,对过去在注释非模式生物基因时遇到的问题提供了有效的解决方式。 下面小果用玉米作为示范 下载AnnotationHub包并加载 BiocManager::install("...
下载所需R包: BiocManager::install("AnnotationHub") #安装AnnotationHub 但是运行这行代码,经常出现这样的报错,无法连上数据库,在网上检索,有帖子说即使连上,下载也很慢,而且容易中断,下载失败。那么我们可以通过官方的一个网址接口去下载所需的数据到本地,再进行整合处理。网址如下: ...
但是,对于非模式生物,由于通常缺乏良好的参考基因库,进行基因注释的过程就显得十分困难。此时,R包AnnotationHub提供了一种非常有效的解决方案。它能够轻松地检索非模式生物的注释信息,对过去在注释非模式生物基因时遇到的问题提供了有效的解决方式。 下面小果用玉米作为示范...
AnnotationHubResource-class.R BEDResource-class.R EnsDbResource-class.R EpigenomeResource-class.R Hub-class.R Hub-utils.R ProteomicsResource-class.R cache-utils.R db-utils.R sql-utils.R utilities.R zzz.R inst man tests vignettes DESCRIPTION ...
AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库,里面有很多物种,以及来源于很多数据库的注释信息。 1,安装这个包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("AnnotationHub"), 2,载入这个包: library(AnnotationHub) (如有提示说需要载入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就载入它们) ...
Debian R Packages Maintainers Andreas Tille It should generally not be necessary for users to contact the original maintainer. 外部的资源: 主页[bioconductor.org] 本源码包构建了以下这些二进制包: r-bioc-annotationhub GNU R client to access AnnotationHub resources ...
Debian R Packages Maintainers Andreas Tille It should generally not be necessary for users to contact the original maintainer. 外部的资源: 主页[bioconductor.org] 本源码包构建了以下这些二进制包: r-bioc-annotationhub GNU R client to access AnnotationHub resources ...