AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO,KEGG注释 1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获取数据库 ah = AnnotationHub...
关于AnnotationHub的一些应用 AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库,里面有很多物种,以及来源于很多数据库的注释信息。 1,安装这个包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("AnnotationHub"), 2,载入这个包: library(AnnotationHub) (如有提示说需要载入其它包,比如BiocGenerics,parallel,那么就...
但是没有Orgdb的物种,可以用AnnotationHub包在线查询和获取其他可用的物种注释信息,并制作OrgDb包使用。 制作OrgDb包 下载所需R包: BiocManager::install("AnnotationHub") #安装AnnotationHub 但是运行这行代码,经常出现这样的报错,无法连上数据库,在网上检索,有帖子说即使连上,下载也很慢,而且容易中断,下载失败。那么我...
这样看或许可以通过更新R的版本来实现数据库的更新。在安装完4.1版本的R之后,重新安装AnnotationHub包并且下载数据,数据库的更新时间为2021,成功。 >library('AnnotationHub')>ah<-AnnotationHub()|===|100% snapshotDate():2021-05-18 在AnnotationHub的介绍中,提到了该模块依赖其他的模块,具体如下 AnnotationHub 在...
不怕,小果教你用AnnotationHub包轻松拿捏 非模式生物的注释信息检索 自RNA测序(RNA-seq)的技术被发明以来,它在分子生物学的领域内得到了广泛的应用。与传统的方法相比,RNA-seq更能够全面和精准地揭示基因在不同层面上的功能和作用。这一技术突出了mRNA剪接的复杂性,并阐明了非编码RNA以及增强子RNA对于基因表达的调控...
下载AnnotationHub包并加载 BiocManager::install("AnnotationHub”) #包下载 library(AnnotationHub) #加载 有两种方式可以找到想要的非模式生物注释信息 第一种 ah <- AnnotationHub() query(hub, "zea") AnnotationHub with 12 records # snapshotDate(): 2022-10-31 ...
Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息,能够根据基因ID对其进行多种来源的注释,比如说基因的别名,基因的功能等。 我之前也写过一篇文章用Bioconductor对基因组注释介绍如何使用AnnotationHub下载注释数据库, 使用select(),mapIds等函数进行注释操作。我自己写一个流程也用到了它给基因ID, 如...
以下以玉米为例，介绍下载AnnotationHub包并获取非模式生物注释信息的方法。我们可以访问官方接口来获取信息，再点击species按物种进行快速检索。可以看到有近6000种可用的物种。输入玉米的学名zea mays，找到玉米的org数据库。通过accession number获取文件AH107469，并将其存入maize对象中。这个Org数据库包含了...
不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包 简介:Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息,能够根据基因ID对其进行多种来源的注释,比如说基因的别名,基因的功能等。我之前也写过一篇文章用Bioconductor对基因组注释介绍如何使用AnnotationHub下载注释数据库, 使用select(), mapIds等函数进行注释操作。
Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息,能够根据基因ID对其进行多种来源的注释,比如说基因的别名,基因的功能等。 我之前也写过一篇文章用Bioconductor对基因组注释介绍如何使用AnnotationHub下载注释数据库, 使用select(),mapIds等函数进行注释操作。我自己写一个流程也用到了它给基因ID, 如...