下载AnnotationHub包并加载 BiocManager::install("AnnotationHub”) #包下载 library(AnnotationHub) #加载 有两种方式可以找到想要的非模式生物注释信息 第一种 ah <- AnnotationHub() query(hub, "zea") AnnotationHub with 12 records # snapshotDate(): 2022-10-31 # $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO,KEGG注释 1⃣️ AnnotationHub 目前最新的工具包叫做AnnotationHub,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。 1. 加载AnnotationHub library(AnnotationHub) ##获取数据库 ah = AnnotationHub...
但是没有Orgdb的物种,可以用AnnotationHub包在线查询和获取其他可用的物种注释信息,并制作OrgDb包使用。 制作OrgDb包 下载所需R包: BiocManager::install("AnnotationHub") #安装AnnotationHub 但是运行这行代码,经常出现这样的报错,无法连上数据库,在网上检索,有帖子说即使连上,下载也很慢,而且容易中断,下载失败。那么我...
> ah <- AnnotationHub() Cannot connecttoAnnotationHub server, using'localHub=TRUE' insteadErrorin.updateHubDB(hub_bfc, .class, url, proxy, localHub) : Invalid Cache: sqlitefileHub hasnotbeen addedtocache Run againwith'localHub=FALSE' 2. 解决方法: 点击查看代码 >Sys.setenv(https_proxy...
AnnotationHub是一个R语言的包,用于访问、管理和使用生物信息学相关的注释数据。 org包通常指的是与特定生物体相关的注释包,例如org.Hs.eg.db是人类基因注释包。 访问AnnotationHub资源: 首先,你需要确保已经安装了AnnotationHub包。如果还没有安装,可以通过以下代码进行安装: R if (!requireNamespace("BiocManager",...
AnnotationHub 在不更新R的情况下,可以考虑更新一下其他的依赖包,或许可以实现数据库的更新,因为依赖的包很大,我没有下载,大家可以试一下。如果有更好的办法,可以留言分享。 参考资料 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/AnnotationHub/man/AnnotationHub.pdf ...
1、下载AnnotationHub包并加载 BiocManager::install("AnnotationHub”)#包下载library(AnnotationHub)#加载 有两种方式可以找到想要的非模式生物注释信息 第一种: ah<-AnnotationHub()query(hub,"zea")AnnotationHub with12records# snapshotDate(): 2022-10-31# $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DAT...
下载AnnotationHub包并加载 BiocManager::install("AnnotationHub”) #包下载 library(AnnotationHub) #加载 有两种方式可以找到想要的非模式生物注释信息 第一种 ah <- AnnotationHub() query(hub, "zea") AnnotationHub with 12 records # snapshotDate(): 2022-10-31 ...
问AnnotationHub安装‘Rcpp’1.0.6已经加载，但需要>= 1.0.7EN对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析，我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里，我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以及每种方法的一些优缺点。作者...
以下以玉米为例，介绍下载AnnotationHub包并获取非模式生物注释信息的方法。我们可以访问官方接口来获取信息，再点击species按物种进行快速检索。可以看到有近6000种可用的物种。输入玉米的学名zea mays，找到玉米的org数据库。通过accession number获取文件AH107469，并将其存入maize对象中。这个Org数据库包含了...