AnnotationDbi主要是設計用來對應資料庫的不同物件,讓各式資料庫在R有一個統一的使用指令,也就是一個標準的package資料庫介面用來開發各種SQLite-base annotaion database。所有的“.db”結尾的library其實就是使用AnnotationDbi來,而從資料庫的命名就可以知道此資料庫是使用哪一類的資料(OrgDb,ChipDb,T...
分析芯片数据应该都接触过 Bioconductor 上的注释包,像人种 org.Hs.eg.db 小鼠 org.Mm.eg.db 大鼠 org.Rn.eg.db. AnnotationDbi提供了访问注释包注释信息的方法,以最常用的人种 org.Hs.eg.db 为例子简单示范如何使用。 首先导入包,当然无需导入 AnnotationDbi 只要导入 org.Hs.eg.db 就行了。导入 tidyverse ...
首先导入包，当然无需导入 AnnotationDbi 只要导入 org.Hs.eg.db 就行了。导入 tidyverse 是为了获取 %>% 操作符。使用 keytypes/columns 函数显示注释包包含哪些注释项目。使用 keys 函数查看注释项目的键。用 select 函数返回需要的注释数据。例子展示根据基因名返回 ENTREZID 和 UNIPROT I...
如何使用注释包中bimap培训annotationdbi.pdf,How to use bimaps from the ”.db” annotation packages Marc Carlson, Herve Pages, Seth Falcon, Nianhua Li March 14, 2013 1 Introduction 1.0.1 Purpose AnnotationDbi is used primarily to create map objects that al
AnnotationDbi的select columns(x) keytypes(x) 读取注释包中的ID,这一点和ls("package:x")显示的内容不同。 1.png keys(x, keytype, ...) 读取注释ID中的内容,keytype默认为探针id。 2.png select(x, keys, columns, keytype, ...) 在注释包中匹配keys对应的columns。
BiocManager::install("AnnotationDbi") 检查R的版本和'AnnotationDbi'包的兼容性: 如果'AnnotationDbi'包已安装但仍然出现加载错误,可能是因为你的R版本与包不兼容。请确保你的R版本与'AnnotationDbi'包的版本兼容。你可以查看'AnnotationDbi'包的文档或Bioconductor的发布说明来了解兼容性信息。 尝试在R的干净会话中加...
AnnotationDbi is an R/Bioconductor package that implements a user-friendly interface for querying SQLite-based annotation data packages. See https://bioconductor.org/packages/AnnotationDbi for more information including how to install the release version of the package (please refrain from installing direc...
原始碼套件: r-bioc-annotationdbi (1.48.0-1) [universe] r-bioc-annotationdbi 的相關超連結 Ubuntu 的資源: 報告問題 Ubuntu Changelog 版權文件 Debian 原始碼倉庫 (Git) 維護者: Ubuntu MOTU Developers (郵件存檔) Please consider filing a bug or asking a question via Launchpad before contacting ...
007 annotationdbi 腾讯云-双11爆款1核2G云服务器首年48元 Invité Partager 007 annotationdbi À Propos Codes d'intégration 126vues
loading from cache z <- select(ens.mm.v97, keys(ens.mm.v97), c("SYMBOL","SEQNAME"), "GENEID") any(duplicated(z[,1])) [1] FALSE Johannes Rainier has a significantly different codebase in ensembldb than what is in AnnotationDbi, and doesn't seem to do the LEFT JOINs in Annotatio...