Amoeba力场的格式包括以下几个方面: 1. 原子参数,Amoeba力场使用原子类型和参数来描述不同原子的性质。每个原子类型都有特定的质量、电荷、范德华半径等参数。这些参数可以根据实验数据或理论计算进行确定。 2. 键参数,Amoeba力场考虑了分子中的共价键、键角和二面角的影响。对于每种键、键角和二面角,需要定义相应的...
力场格式是计算化学中的一种数学模型,可以预测分子体系的结构、性质和行为。Amoeba力场格式是由X-力场公司开发的,其独特之处在于能够准确地描述分子之间的极化效应和电荷转移。 2. 力场格式的基本原理 Amoeba力场格式基于分子力学方法,通过对分子体系中原子之间的相互作用进行建模,来模拟分子的行为。在Amoeba力场格式中,...
此外,我们使用cAMOEBA和AMOEBA (Poltype/MP2)计算的约100种不同分子和四种浴气(He、Ne、Ar和N2)的输运参数σ和ε的平均差异分别为0.09%和1.27%,这表明通用cAMOEBA力场与原始AMOEBA(Poltype/MP2)力场具有良好的一致性,在原始力场中,每个小分子的多极力场参数都是通过量子力学计算获得的。我们的结果还表明,在从...
根据sapt原理,将分子间总相互作用能分为静电,诱导,交换,色散四个部分,并将AMOEBA+的ele与SAPT的ele进行对比,将AMOEBA+的pol与电荷转移的总和与SAPT的ind对比,将AMOEBA+的vdw与SAPT的交换和色散的总和对比.新一代AMOEBA+力场的表达式及归纳方法如下。 基于SAPT2 +方法计算的结果,对在S108×7二聚体数据库的AMOE...
AMOEBA最好用OpenMM，用可极化的做溶解自由能的计算一般结果会稍有改进，但具体还是要看你的模型和对照...
利用AMOEBA可极化力场,首先在可极化力场标准范德华色散参数和默认原子极化率的前提下,通过拟合不同密度泛函下的原子多极参数得到静电势,进而得到含氮杂环分子间相互作用能;然后对并苯类分子间参数的极化率利用QTAIM方法进行重新拟合,同样基于可极化力场标准范德华色散参数来评估并苯类的外重组能.具体内容如下:第一章...
Amoeba力场建模求助!!1 1/1 返回列表 查看: 198 | 回复: 0 只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏 在APP中查看 匿名 用户注销 (正式写手) 应助: 36 (小学生) 金币: 1850.4 散金: 1918 红花: 8 帖子: 812 在线: 220.2小时 虫号: 0 注册: 2009-03-18 专业: 理论和计算化学...
这里有我测试用的key文件。你用时把parameters这行后面的改成你自己装的Tinker中amoeba09力场参数文件的...
GA4AMOEBA 这是一个基于AMOEBA函数形式( )的用于优化可极化力场参数的机器学习(ML)遗传算法(GA)程序。 它是一个MPI程序,可以在高性能计算机上执行。 如果您对代码有任何疑问,请联系或 。 如果您想使用该代码或与此代码相关的任何资源,请引用此文章: : 和我们的github存储库。 谢谢 ...
MD模拟中的基本要素之一是力场(FFs)的精度,其中包括描述分子内和分子间势能面(PES)的部分以及不同的参数。目前常用的分子力场包括多种类型,如固定电荷力场,极化力场等。Liu等一直在开发AMOEBA力场,该力场利用原子多极扩展到四极来表示永久电荷分布,并利用可诱导原子偶极来解释极化效应。它已应用于水,离子,有机小分子...