在本研究中,我们报告了一个针对燃烧相关分子的简化但精确的通用AMOEBA极化力场,称为Combustion-AMOEBA或cAMOEBA。其中,气体分子弛豫优化是通过鸿之微DS-PAW软件进行计算(其为cAMOEBA极化力场的构建而服务)。通过消除永久原子偶极子和四极子,保留明显的极化,并定义每个分子种类(包括烷、烯、 炔、醇、过氧化物和醛)的原...
AMOEBA最好用OpenMM，用可极化的做溶解自由能的计算一般结果会稍有改进，但具体还是要看你的模型和对照...
采用AMOEBA力场默认值,静电势参数是基于B3LYP/6-31G*水平拟合得到的原子多极.首先通过力场先得到并苯类晶体总的重组能,再利用四点法模型得到并苯类晶体的内重组能,两者相减得到并苯类晶体外重组能.并利用第一性方法对AMOEBA可极化力场得到的并苯类内重组能和外重组能进行了评估,验证了 AMOEBA可极化力场的合理性;...
GA4AMOEBA 这是一个基于AMOEBA函数形式( )的用于优化可极化力场参数的机器学习(ML)遗传算法(GA)程序。 它是一个MPI程序,可以在高性能计算机上执行。 如果您对代码有任何疑问,请联系或 。 如果您想使用该代码或与此代码相关的任何资源,请引用此文章: : 和我们的github存储库。 谢谢 ...