Open source code for AlphaFold 2. Contribute to google-deepmind/alphafold development by creating an account on GitHub.
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代码来源于GitHub - google-deepmind/alphafold: Open source code for AlphaFold.有些专业研究蛋白质折叠...
不过,一位业内专家告诉 DeepTech,RoseTTAFold 性能稍差但是 “也能用”。 近日,DeepMind 在Nature发表的新论文阐述了 AlphaFold2 的细节,并在 GitHub 公开了源代码,目前已有 4600 左右颗 star。 图| AlphaFold 算法已开源(来源:GitHub) 与此同时,大卫・贝克团队也在Science发表了相关论文,并开源了 RoseTTAFold ...
为了方便学术应用,AlphaFold代码开源于Github:https://github.com/deepmind/alphafold。每个人都可以下载安装运行,目前已有1.7K STAR。 很贴心的是,AlphaFold提供了Docker版(用了Docker,妈妈再也不担心我的软件安装了 - 基础篇),直接就可以安装运行。 安装之前,我们先看看硬件需求。
AlphaFold2 https://github.com/deepmind/alphafold/ 上海交大 AlphaFold再HPC平台的部署和优化 https://parafold.sjtu.edu.cn/docs/quick-start/ PombertLab/3DFI https://github.com/PombertLab/3DFI 上述所有配置,代表最新硬件架构,同时保证是最完美,最快。
7月15日，DeepMind在Nature上发表了一篇论文，开源了其基于深度学习神经网络的AlphaFold 2模型。论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2 开源代码：https://github.com/deepmind/alphafold 与此同时，在隔壁的Science上，华盛顿大学也发表了自己开发的蛋白质预测工具RoseTTAFold。RoseTTAFold不仅...
据了解,运行 AlphaFold2 的最简单方法,是使用DeepMind提供的 Docker 脚本。DeepMind提供了一个参考配置:在Google Cloud 上,采用 12 个 vCPU,85 GB RAM,100 GB 引导磁盘,额外 3 TB 磁盘的数据库,一个 A100 GPU 。 GitHub地址:https://github.com/deepmind/alphafold ...
AlphaFold的正式运算需要的资源非常庞大,个人或者小团队如果家里没矿的话,想自己搭平台运算基本没戏;好在谷歌提供了一个免费的云端平台Colab(https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb),可以运行精简版的AlphaFold。平台入口就在AlphaFold数据库的底端FAQ里。
Update: Deepmind has open sourced the official code in Jax, along with the weights 🙏! This repository will now be geared towards a straight pytorch translation with some improvements on positional encoding ArxivInsights video Install $ pip install alphafold2-pytorch Status lhatsk has reported tra...