今天给大家介绍的是Journal of Chemical Information and Modeling上AI结合Docking模拟，使用生成模型进行基于结构的分子从头设计的文章"Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations"。作者研究了一种新的基于深度学习的分子从头生成模型SBMolGen，该模型将循环神经...
今天给大家介绍的是Journal of Chemical Information and Modeling上AI结合Docking模拟,使用生成模型进行基于结构的分子从头设计的文章"Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations"。 作者研究了一种新的基于深度学习的分子从头生成模型SBMolGen,该模型将循环神经...
AlphaFold 作为 AI4S 领域最有代表性的工作之一，已经慢慢被应用在一些药物研发过程中。大家最近发现，虽然AlphaFold 可以产生非常好的蛋白质结构，但在 docking（即蛋白质和小分子药物的结合结构）预测上不尽如人意。很多人觉得这个结果出乎意料，而我觉得蛮正常的—— 因为 AlphaFold 在设计时就没有考虑到 docking。...
AlphaFold 作为 AI4S 领域最有代表性的工作之一,已经慢慢被应用在一些药物研发过程中。大家最近发现,虽然AlphaFold 可以产生非常好的蛋白质结构,但在 docking(即蛋白质和小分子药物的结合结构)预测上不尽如人意。很多人觉得这个结果出乎意料,而我觉得蛮正常的—— 因为 AlphaFold 在设计时就没有考虑到 docking。我们科...
利用四种方法进行筛选,分别是①FEP计算(FEP+),②药物化学家基于之前SAR进行的挑选(MC,Med Chem),③专家通过结合模式以及相互作用的分析,进行人工挑选(MM,SBDD),④基于MAB力场优化的对接来预测的分子结合模式,再经过人工挑选(DOMF,Docking)。 经过实验测试之后的结果,下图更直观。和reference化合物相比,FEP筛选出来的...
同时，研究人员表示，阿尔法折叠3在预测蛋白质及其结构方面远远优于现有的软件工具。例如，对寻找新药感兴趣的科学家通常使用一款名为docking的软件来模拟化学物质与蛋白质的结合程度，而阿尔法折叠3被证明优于这个软件，同时也被证明优于另一个名为RoseTTAFoldAll-Atom4的基于人工智能的工具。约翰·詹珀和他的同事在稍...
同时,研究人员表示,阿尔法折叠3在预测蛋白质及其结构方面远远优于现有的软件工具。例如,对寻找新药感兴趣的科学家通常使用一款名为docking的软件来模拟化学物质与蛋白质的结合程度,而阿尔法折叠3被证明优于这个软件,同时也被证明优于另一个名为RoseTTAFoldAll-Atom4的基于人工智能的工具。
同时,研究人员表示,阿尔法折叠3在预测蛋白质及其结构方面远远优于现有的软件工具。例如,对寻找新药感兴趣的科学家通常使用一款名为docking的软件来模拟化学物质与蛋白质的结合程度,而阿尔法折叠3被证明优于这个软件,同时也被证明优于另一个名为RoseTTAFoldAll-Atom4的基于人工智能的工具。
同时,研究人员表示,阿尔法折叠3在预测蛋白质及其结构方面远远优于现有的软件工具。例如,对寻找新药感兴趣的科学家通常使用一款名为docking的软件来模拟化学物质与蛋白质的结合程度,而阿尔法折叠3被证明优于这个软件,同时也被证明优于另一个名为RoseTTAFoldAll-Atom4的基于人工智能的工具。
然后预测一个分子和靶点的结合能，比如说最常见的 docking （分子对接），准确性是不高的。某种程度上，分子对接只是用来产生猜想的工具。从 CADD 到 AIDD 我觉得是有两个变化，一个变化是在一些关键的环节上面，我们真的有可能大幅度地提升预测的准确性，从而使得计算可以被信赖。另一点是 AI 制药可以提供一些...