最近,一个名为Aging Atlas的多组学数据库受到了广泛关注,成为衰老研究的新宠。🔍 Aging Atlas不仅包含了大量与衰老相关的基因信息,还提供了多组学数据,使得研究人员可以进行更全面的分析。对于从事生信分析的研究者来说,这无疑是一个宝贵的资源。💡 要进行衰老相关的生信分析,关键在于获取衰老相关基因集。Aging Atl...
值得一提的是,作为一个面向全球持续更新的网站,Aging Atlas提供开放的数据共享平台,用户可以在上传界面进行科学数据的上传操作,为实现全球数据共享提供便利。Aging Atlas的建立旨在为国际范围内衰老相关大数据的统一汇交、集中存储、安全管理、开放共享以及前沿交叉研究和转化应用提供助力。 Aging Atlas数据库首次实现了对与...
🔥🔥🔥 生信分析的热点往往紧跟CNS顶刊的步伐,从大佬的综述或实验文章中挖掘出可做的生信方向,这样就能走在别人前头,吃到新方向的红利哦!🎉🎉🎉要进行衰老相关的生信分析,关键在于获取衰老相关基因集。🔍🔍🔍 而Aging Atlas就是一个非常棒的衰老生物学多组学数据库,它不仅包含了衰老相关基因,可以直接...
中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组和北京基因组研究所(国家生物信息中心)鲍一明研究组、张维绮研究组合作建立了Aging Atlas数据库(https://bigd.big.ac.cn/aging/index)。数据库相关文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”为题在线发表于Nucleic Acids Researc...
然而目前,尚缺乏一个综合性的、整合衰老生物学多组学数据的数据资源库。中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)研究员鲍一明研究组、研究员张维绮研究组和中科院动物研究所研究员刘光慧研究组、研究员曲静研究组,合作建立Aging Atlas数据库。该数据库从常规转录组、单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组及药物基因...
在鉴定出的126个上调与43个下调基因中,作者鉴定出SIRT2是所有下调蛋白中唯一与四种年龄相关心血管疾病都有关联的蛋白。并且,根据在Aging Atlas database中的搜索,SIRT2是唯一一个与衰老相关的下调蛋白。接着,作者通过wb证实了上述结果。 ...
Aging Atlas数据库首次实现对与衰老相关的不同层次的多组学数据的收录和整合,其对用户免费开放,且持续实时更新,将有助于推动衰老相关的基础研究和临床转化应用的发展。Aging Atlas希望在广大科学工作者的支持下,不断吸纳更多高质量的衰老研究数据,以更好地服务衰老生物学和老年医学的发展。
该数据来源于已发表的在线“细胞景观资源”(http://bis.zju.edu.cn/cellatlas/),涵盖了从 8 周到 24 个月的四个时间点(图 1a)。根据典型细胞类型特异性标志物的表达对细胞类型进行注释。在整个小鼠肾脏细胞景观中,鉴定出 17 种不同的细胞类型,包括上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞和免疫细胞(图 1b)。这些...
5. Tabula Muris, C. A single-cell transcriptomic atlas characterizes ageing tissues in the mouse. Nature 583, 590-595 (2020). 6. Ahadi, S. et al. Personal aging markers and ageotypes revealed by deep longitudinal profiling. Nat Med 26, 83-90 (2020). 7. Ori, A. et al. Integrated ...
通过REMAP ChIP-seq数据库对多个含有NFκB信号通路的物种的衰老相关lncRNA进行富集分析同样发现NFKB1和RELA的显著富集。为了研究衰老相关lncRNA是否具有调节NFκB信号通路,在NFκB报告细胞中进行CRISPR筛选调控NFκB的lncRNA。获得显著调控GFP低(...