研究者在这里使用了GEO和Aging Atlas database两个数据库,GEO数据库之前有介绍过,这里就重点介绍一下Aging Atlas database 该数据库从常规转录组、单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组及药物基因组等不同层面整合了衰老相关数据集(下图),实现了不同条件下基因表达调控随衰老变化趋势的汇聚融合。在该数据库中,用户...
中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组和北京基因组研究所(国家生物信息中心)鲍一明研究组、张维绮研究组合作建立了Aging Atlas数据库(https://bigd.big.ac.cn/aging/index)。数据库相关文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”为题在线发表于Nucleic Acids Researc...
中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)研究员鲍一明研究组、研究员张维绮研究组和中科院动物研究所研究员刘光慧研究组、研究员曲静研究组,合作建立Aging Atlas数据库。该数据库从常规转录组、单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组及药物基因组等层面,整合衰老相关数据集,实现不同条件下基因表达调控随衰老变化趋势...
Aging Atlas的建立旨在为世界范围内衰老相关大数据的统一汇交、集中存储、安全管理、开放共享及前沿交叉研究和转化应用提供助力。相关研究成果以 Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology 为题,在线发表在 Nucleic Acids Research 上。 Aging Atlas数据库首次实现对与衰老相关的不同层次的多组学数据的收录...
该数据来源于已发表的在线“细胞景观资源”(http://bis.zju.edu.cn/cellatlas/),涵盖了从 8 周到 24 个月的四个时间点(图 1a)。根据典型细胞类型特异性标志物的表达对细胞类型进行注释。在整个小鼠肾脏细胞景观中,鉴定出 17 种不同的细胞类型,包括上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞和免疫细胞(图 1b)。这些...
通过REMAP ChIP-seq数据库对多个含有NFκB信号通路的物种的衰老相关lncRNA进行富集分析同样发现NFKB1和RELA的显著富集。为了研究衰老相关lncRNA是否具有调节NFκB信号通路,在NFκB报告细胞中进行CRISPR筛选调控NFκB的lncRNA。获得显著调控GFP低(...
为了阐明肾脏衰老过程中各种细胞类型比例和功能的动态变化,分析了 C57BL/6J 小鼠肾脏的 scRNA-seq 数据。该数据来源于已发表的在线“细胞景观资源”(http://bis.zju.edu.cn/cellatlas/),涵盖了从 8 周到 24 个月的四个时间点(图 1a)。根据典型细胞类型特异性标志物的表达对细胞类型进行注释。在整个小鼠肾脏细...