(2)AmpACE-seq确定HCT116细胞中目标位点对应的5hmC信息 通过AmpACE-seq确定了HCT116细胞中位点对应的5hmC信息,最终选定的序列片段为chr17:77373342−77373437、chr8:96494093−96494215和chr8:96494039−96494111,分别命名为Septin9、SDC2 313和SDC2 239,这些片段位于研究团队先前研究中鉴定的高DNA甲基化富集区域,...
ACESeq是羟甲基化检测领域的一项具有黑马潜力股潜力的技术。以下是关于ACESeq技术的详细解读：技术原理：ACESeq使用AID/APOBEC家族DNA脱氨酶APOBEC3A 代替化学脱氨，保证DNA完整性。A3A能特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U，而5hmC则不被识别，测序时仍被检测为C，从而区分5hmC与C及5mC。检测流程：利...
此外,研究者通过ACE-seq鉴定出DhMRs,这些区域在POI患者中表现出高羟甲基化或低羟甲基化。进一步丰富了对POI表观遗传机制的理解。 WGBS和ACE-seq的协同作用 WGBS和ACE-seq的结合使用允许研究者同时分析DNA甲基化和羟甲基化,揭示这两种表观遗传修饰在基因调控中的协同作用。如研究发现基因体的高甲基化与基因表达的抑...
推出新一代羟甲基化研究科研服务产品:APOBEC-coupled epigenetic sequencing ,简称(ACE-seq)。 ACE-seq是一种全新的检测DNA羟甲基化的技术,由美国宾夕法尼亚大学Emily K Schutsky等在2018年发表在Nature Biotechnology杂志上。不同于传统的BS-Seq,该技术使用AID/APOBEC家族DNA脱氨酶APOBEC3A (A3A)代替化学脱氨...
相比之下,使用糖基化修饰和 A3A 结合的转化测序方法(ACE-seq),能够在单碱基精确度的基础上,有效保证 DNA 的完整性。 该技术是一种全新的鉴定 5hmC 的方法。DNA 脱氨酶 APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去 C 及 5mC 的氨基使其变为 U,而 5hmC 则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为 C。该技术利用该酶的...
在本研究中,全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)和APOBEC偶联表观遗传测序(ACE-seq)是两种关键的测序技术,分别用于分析DNA甲基化和羟甲基化,它们在揭示POI的表观遗传机制中发挥了重要作用。 WGBS(全基因组亚硫酸盐测序) 在本研究中,WGBS用于比较POI患者和对照组卵丘细胞细胞的全基因组甲基化水平。研究发现,POI患者的基因组...
apobec(ace-seq)羟甲基化检测实验步骤 以下是APOBEC(ACE-Seq)羟甲基化检测实验步骤: 1. 样本准备:收集需要进行羟甲基化检测的组织或细胞样本,并确保样本的质量和数量。 2. DNA提取:使用适当的DNA提取方法,从样本中提取出高质量的基因组DNA。 3. 酶切处理:使用限制性内切酶对DNA进行酶切处理,将DNA切割成小片段...
ACE-seq的照片/视频,包括此仪器设备的照片、视频等,通过照片视频全方位展现ACE-seq,易基因基因/DNA测序仪,该技术是一种全新的鉴定5hmC的方法。DNA脱氨酶APOBEC3A(A3A)能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U,而5hmC则因为不被该酶识别,测序时仍被识别为C。该技术利用该酶
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ACE-seq原理示意如下: (1)利用β-葡糖基转移酶(βGT)将5hmC加上葡糖基,转变成5ghmC,5ghmC不会被A3A酶脱氨基。 (2)利用A3A酶特异去除C和5mC的氨基,使其转变成U,而5hmC保持为C,从而将5hmC和C/5mC区分开来。 技术优势: 实验策略 信息分析 技术参数 研究案例 开发了ACE-Seq技术并利用ACE-Seq探究小鼠脑...