目前TIMS技术和FAIMS技术分别被Bruker和Thermo Fisher公司运用到蛋白质组学研究领域的质谱仪开发中,分别命名为Exploris 480+FAIMS pro和timsTOF Pro。华盈生物同时拥有该两款主流的质谱仪,可根据实际应用场景为客户提供匹配的4D质谱仪和对应的蛋白质组学检测技术。 经过大量项目测试发现:TimsTOF Pro具有上样量少,扫描速...
1. 深层AML蛋白质组研究 作者运用LAML TCGA样本集,从44个完全特征化的AML骨髓样本中获得了蛋白质提取物,这些样本代表了广泛的AML亚型,跨越了细胞遗传风险、常见突变和驱动融合的范围(图1)。随后对44名患者样本以及3份健康对照骨髓样本进行了label-free(LFQ)和TMT标记定量蛋白质组学研究。由于AML细胞含有丰富、高活...
作者根据TMT标记蛋白质组学平台上测量的蛋白质丰度对样品进行了无监督的分层聚类,发现样本主要由重要的临床协变量组成,包括细胞遗传学或常见突变(图2A)。使用LFQ数据比较所有44个AML样品中的总体蛋白质与RNA表达,看到了许多转录后调节的例子,其中RNA丰度不能预测蛋白质丰度(图2B),比如组蛋白STMN2,AKT共激活因子/癌...
4D-LFQ蛋白质组学则是在3D分离的基础之上增加了第四维度,离子淌度(mobility)的分离(图1)。离子淌度主要根据离子的形状和截面进行分离,为复杂体系样品的测定带来了更多的可能。 图2. 4D-LFQ蛋白质组学 技术原理 基于质谱的蛋白质组学研究,其基本原理主要是通过对被测样品离子的理化性质的测定来进行分析,根据样...
1. 深层AML蛋白质组研究 作者运用LAML TCGA样本集,从44个完全特征化的AML骨髓样本中获得了蛋白质提取物,这些样本代表了广泛的AML亚型,跨越了细胞遗传风险、常见突变和驱动融合的范围(图1)。随后对44名患者样本以及3份健康对照骨髓样本进行了label-free(LFQ)和TMT标记定量蛋白质组学研究。由于AML细胞含有丰富、高活...
4D蛋白组根据技术方法可以细分为4D-DIA、4D-LFQ、以及4D-PRM等，修饰类型的4D蛋白组可以根据蛋白具体的修饰类型划分为磷酸化、泛素化、乙酰化、糖基化蛋白组等。应用领域举例：临床biomarker筛选 疾病分子分型及分子分期 diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. ...
● 4D蛋白组学:4D-LFQ、4D-FastDIA、血液样本Blood+DIA、4D-PRM靶向蛋白质组学验证等,单细胞蛋白组,空间蛋白组等; ● 4D修饰组学:包括经典修饰类型 (磷酸化、乙酰化、糖基化、泛素化、甲基化等),及新型酰化修饰 (乳酸化、琥珀酰化、巴豆...
鹿明生物4D蛋白组的分类 4D蛋白组根据技术方法可以细分为4D-DIA、4D-LFQ、以及4D-PRM等,修饰类型的4D蛋白组可以根据蛋白具体的修饰类型划分为磷酸化、泛素化、乙酰化、糖基化蛋白组等。 应用领域举例: 临床biomarker筛选 疾病分子分型及分子分期 diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with dat...
MaxLFQ归一化以后,中位数变异系数为7.2%(图3B)。进一步,研究者发现4D质谱技术能够显著降低label-free缺失值的问题(图3C)。同时,研究者将Hela和大肠杆菌胰酶消化后的肽段混合并进行质谱分析,结果显示95%的蛋白是能准确定量,只有1.3%的蛋白被错误分类。展示了该方法高水平的定量准确性(图3D)。
4D蛋白组根据技术方法可以细分为4D-DIA、4D-LFQ、以及4D-PRM等,修饰类型的4D蛋白组可以根据蛋白具体的修饰类型划分为磷酸化、泛素化、乙酰化、糖基化蛋白组等。 应用领域举例: 临床biomarker筛选 疾病分子分型及分子分期 diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition...