组装后的AaegL4版本基因组含有三个染色体长度的Scaffolds(长度分别为307Mb、472Mb和404Mb)占总输入序列的94%,合并剩下的3981个短的Scaffolds(N50为65kb,最长为474kb)获得最终与三条染色体对应的Scaffolds。 算法处理描述: 1)首先过滤小的Scaffolds,由于其片段长度过小,Locus互作频率相对较少,分析结果不可靠。 2)对...
组装后的AaegL4版本基因组含有三个染色体长度的Scaffolds(长度分别为307Mb、472Mb和404Mb)占总输入序列的94%,合并剩下的3981个短的Scaffolds(N50为65kb,最长为474kb)获得最终与三条染色体对应的Scaffolds。 算法处理描述: 1)首先过滤小的Scaffolds,由于其片段长度过小,Locus互作频率相对较少,分析结果不可靠。 2)对...
在3D-DNA中用于连接各个处理阶段,便于审查和调整参数。 edit:包含检测3D-DNA错误连接的脚本和一些校正算法,这个模块在做特殊处理的时候最可能需要调整参数 polish:校正3D-DNA scaffolding算法可能引起的错误,类型基因组的polish过程 split:分割megascaffold成为染色体 seal:消除上一步结果的假阳性(通过引入碎片的方式,详细...
基因组组装: 3D-DNA 染色体挂载 本文将介绍基因组组装过程中,如何利用HiC测序数据,进行染色体级别基因组的组装。该过程主要利用Juicer[1]和3D-DNA[2]进行,有关第一步Juicer的过程,已经下方的文章中介绍了,本文主要介绍第二步:3D-DNA的安装与使用。 1. 背景介绍 目前基因组组装的主要流程是,利用二代或者三代技术...
对于二倍体物种而言,目前3D-DNA应该是组装效果最好的一个软件。 工作流程 使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 总体流程 基因组组装可以是二代测序方法,也可以是三代测序组装方法,总之会得...
科学家们研究出一种DNA折纸序列设计算法(DAEDALUS)实现这一切。这个算法将确定所需要DNA折纸序列设计算法的碱基的具体顺序,就像提供了一个“脚手架”,然后一个DNA单链将围绕着它进行弯曲和缠绕,形成所需的形状。科学家要做的是提供带封闭曲面的3D形状(比如多面体、圆环等),然后将其输入计算机,并规定好规格范围。
来自MIT的Mark Bathe在一份新闻稿中说:“这份论文将问题从一位专家自己设计合成对象所需要的DNA,转变成了该对象本身就成了起点,然后根据该算法自动定义所需要的DNA序列。” 这番话说得十分拗口,但是实际上,您所需要做的只是提供带封闭曲面的3D形状(比如多面体、圆环等),然后将其输入计算机,并规定好规格范围,您的...
1与语音命令设备中的智能助理的多模式交互2一种基于地理信息系统的主干光缆定位的智能算法及系统3相机模块4图像处理装置、控制方法和存储介质5一种液压夹具6信息处理装置和方法、再现装置和方法、以及程序7一种基于磁场检测的草原鼠害监测方法和系统8一种分段可调式EGR冷却器系统9基于云端智能控制及可视化的钻井液一体处理...
研究团队展示了他们可制作的各种形状:圆锥形、葫芦形、三叶草形。DNAxiS是第一个允许用户自动设计此类形状的软件工具,它使用算法来确定放置短DNA“订书钉”的位置,以将较长的DNA环连接在一起并将形状固定到位。例如,给定一个蘑菇形状的模型,计算机会吐出一系列DNA链,这些链会自组装成正确的结构。一旦在试管中...
一种新的DNA序列3D表示方法及相似分析