run-asm-pipeline.sh的651-750是3D-DNA流程的核心算法: misjoin-correction. 其中下面的代码是用来找到潜在的mis-assembly, 用于后续纠错 bash ${pipeline}/edit/run-mismatch-detector.sh -p ${parallel} -c ${editor_saturation_centile} -w ${editor_coarse_resolution} -d ${editor_coarse_region} -k $...
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffolding,得到染色体水平的组装结...
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffolding,得到染色体水平的组装结...
研究人员发现 type-II 通常表现出同源分离,而在 type-I 中较少发生。研究人员开发一种算法(dubbed 3D-DNA Phaser),通过这些数据匹配模型,发现基因组结构的特征在数十亿年的时间里出现又消失,例如一个世系在 Rabl-like 与 territorial 两种结构之间变...
科学家们研究出一种DNA折纸序列设计算法(DAEDALUS)实现这一切。这个算法将确定所需要DNA折纸序列设计算法的碱基的具体顺序,就像提供了一个“脚手架”,然后一个DNA单链将围绕着它进行弯曲和缠绕,形成所需的形状。科学家要做的是提供带封闭曲面的3D形状(比如多面体、圆环等),然后将其输入计算机,并规定好规格范围。
3D-DNA流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完...
visualize:与后续的Juicebox Assembly Tools处理对接,也就是可视化组装结果。在3D-DNA中用于连接各个处理阶段,便于审查和调整参数。 edit:包含检测3D-DNA错误连接的脚本和一些校正算法,这个模块在做特殊处理的时候最可能需要调整参数 polish:校正3D-DNA scaffolding算法可能引起的错误,类型基因组的polish过程 ...
Ellen Greytak进一步介绍称，Snapshot是基于机器学习技术来根据DNA合成3D人像的，训练数据来自公开DNA数据集和对应的人脸长相。但对于Snapshot DNA背后的详细算法原理，Parabon NanoLabs拒绝公布。当然，目前学术界已经有不少针对类似算法的研究。此前发表在PNAS（美国国家科学院院刊）上的一篇文章就试图通过1061个来自不同...
三所大学的研究人员开发这种算法是为了确定提供“支架”所需要的准确碱基顺序。所谓的“支架”就是单个 DNA 链,其本身可以弯曲并旋转形成某种外形。它甚至还有一个很酷的名称:DAEDALUS,也就是“用户自定义结构的 DNA 折纸序列设计算法”(DNA Origami Sequence DesignAlgorithm for User-defined Structures)的意思。
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import cm from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D #导入所需库文件,并定义算法参数: DNA_SIZE = 24 POP_SIZE = 200 CROSSOVER_RATE = 0.8 MUTATUON_RATE = 0.005 N_GENERATIONS = 50 X_BOUND = [-3,3] Y_BOUND = [-3,3]...