上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
export TMPDIR=/newlustre/home/jfgui/Wangtao/XX_assembly/HiC/3d-dna/3d-dna/## 运行3d-dna挂载程序/newlustre/home/jfgui/Wangtao/software/3d-dna/run-asm-pipeline.sh \ # 用3d-dna目录的run-asm-pipeline.sh脚本-r2\ # 纠错次数,0表示不纠错,默认为2。对组装结果自信先用-r0试一下。./genome.fa...
在3D-DNA中用于连接各个处理阶段,便于审查和调整参数。 edit:包含检测3D-DNA错误连接的脚本和一些校正算法,这个模块在做特殊处理的时候最可能需要调整参数 polish:校正3D-DNA scaffolding算法可能引起的错误,类型基因组的polish过程 split:分割megascaffold成为染色体 seal:消除上一步结果的假阳性(通过引入碎片的方式,详细...
LACHESIS作为分析Hi-C数据的经典工具,文章认可度较高,但其在多倍体基因组组装方面表现欠佳。前面也试过AllHiC来挂载多倍体,但是有些简单的物种挂载过程中好像有点不如意的区域,所以再尝试一下去其它工具的结果。 使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT...
3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化
3D-DNA安装:git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git === 分析测试 === 两个输入数据:reference:存放一个genome.fa, 为组装的contigs。fastq: 存放HiC二代双端测序结果,read_R1.fastq.gz, read_R2.fastq.gz 有了这两个数据就可以开始了。*_R...
3D-DNA流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
3D-DNA流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完...
若发现组装的scaffolds存在很多misjoin,则可以通过3D-DNA进行纠错,然后使用ALLHiC。关于3D-DNA流程,可查看前面内容,3D-DNA可以得到 上述将3D-DNA组装好的结果根据片段长度从大到小排列,得到相应的chr,而后将chr中的NN将其分割成多个tig.correced.contig,并得到相应chr.tour 文件。最后用ALLHIC_build...