上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
3d-dna自动挂载后的结果,这里没加contig和scaffold边框线 此外,我们在右下角看到特别多没有挂载到染色体上的一些contig或者说scaffold,其出现这么多进行2轮基因组纠错打断是一个原因,更多的是因为用来的挂载的这个基因组../../../PacBio/polish/flye_polish/pilon.out/pilon3.out/racon3.pilon3.fasta是没有用pu...
3D-DNA 挂载染色体 3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平。其githup网址:https://github.com/theaidenlab/3d-dna 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据) 利用自动化流程进行纠错(misjoin),排序(order),确定正确方向(orient),最后scaffolding,...
3D-DNA 挂载染色体 3D-DNA是一款简单,方便的处理Hi-C软件,可将contig提升到染色体水平,githup,也可以用于对已经组装好的contig进行纠错,继而用其它软件(ALLHIC)进行挂载。 3D-DNA流程简介 将Hi-C数据比对到draft.genome.fa。(利用Juicer分析Hi-C数据)
前一篇博客主要讲了如何使用juicer进行Hi-C测序的下机数据处理,这篇博客我们按照Aiden团队的基因组组装“CookBook”继续接下来的操作,主要记录下3D-DNA软件的配置运行,以及如何手动调整结果。 1. 下载和配置3D-DNA 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
【3D生物学|医学】DNA、染色体、基因、蛋白质、细胞、真菌、细菌、病毒、免疫、肿瘤、身体器官都在这里!!!共计21条视频,包括:DNA动画 DNA animations by wehi.tv for Science-Art exhibition、从DNA到蛋白质 From DNA to protein - 3D、生物学细胞结构I细胞核医学培养
插画 关于 3d插图显示dna分子如何被装进细胞核中的染色体. 染色体像条条的混乱杂乱. 插画 包括有 染色体, 结构, 传记 - 308767314
ALLHiC的流程主要分为以下5个步骤：同时需要安装 samtools v1.9+ , bedtools , matplotlib v2.0+ 若发现组装的scaffolds存在很多misjoin，则可以通过3D-DNA进行纠错，然后使用ALLHiC。关于3D-DNA流程，可查看前面内容，3D-DNA可以得到 上述将3D-DNA组装好的结果根据片段长度从大到小排列，得到相应的...