上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
gitclonehttps://github.com/theaidenlab/3d-dna.git 二、使用 先前为juicer创建了python2.7的依赖环境,并且安装了3ddna的依赖包,直接激活环境使用。 conda activate python2.7 bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -h bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh -h#示例如下###USAGE: ...
初始组装经过基因组纠错(polish)以及去冗余(purge)之后,就可以将其挂载到染色体上,使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromosome级别的基因组。染色体挂载的方法有多种,我这里主要介绍基于HiC测序数据进行染色体挂载,用到了2套软件:allhic和3d-dna pipeline。
2. 安装 2.1. 流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境...
3D-DNA安装：git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git === 分析测试 === 两个输入数据：reference:存放一个genome.fa, 为组装的contigs。fastq: 存放HiC二代双端测序结果，read_R1.fastq.gz, read_R2.fastq.gz 有了这两个数据就可以开始了。*_R...
# 安装LastZ(跑二倍体模式需要用,一个DNA序列比对工具) conda install LastZ # 安装GNU Parallel ## 官方推荐用该shell下实现并行运算的工具,加快程序运行速度。集群用户如果没有预装可以在~/bin中以如下方式编译安装 wget http://ftp.gnu.org/gnu/parallel/parallel-latest.tar.bz2 ...
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