上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步是利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境已经配置完成,没有阅读过...
gitclonehttps://github.com/theaidenlab/3d-dna.git 二、使用 先前为juicer创建了python2.7的依赖环境,并且安装了3ddna的依赖包,直接激活环境使用。 conda activate python2.7 bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline.sh -h bash ~/biosoft/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh -h#示例如下###USAGE: ...
2. 安装 2.1. 流程图 上图是使用3D-DNA进行染色体挂载的流程图,其中第一步是测序和基础组装,测序一般是交给测序公司来完成,contig组装利用物种对应的组装软件即可。第二步时利用Juicer对HiC数据进行分析。第三步是利用3D-DNA进行挂载。 2.2. 依赖 下面这些是3D-DNA的依赖,如果阅读过之前Juicer的使用教程,那么环境...
初始组装经过基因组纠错(polish)以及去冗余(purge)之后,就可以将其挂载到染色体上,使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromosome级别的基因组。染色体挂载的方法有多种,我这里主要介绍基于HiC测序数据进行染色体挂载,用到了2套软件:allhic和3d-dna pipeline。
3D-DNA安装：git clone https://github.com/theaidenlab/3d-dna.git === 分析测试 === 两个输入数据：reference:存放一个genome.fa, 为组装的contigs。fastq: 存放HiC二代双端测序结果，read_R1.fastq.gz, read_R2.fastq.gz 有了这两个数据就可以开始了。*_R...
# 安装LastZ(跑二倍体模式需要用,一个DNA序列比对工具) conda install LastZ # 安装GNU Parallel ## 官方推荐用该shell下实现并行运算的工具,加快程序运行速度。集群用户如果没有预装可以在~/bin中以如下方式编译安装 wget http://ftp.gnu.org/gnu/parallel/parallel-latest.tar.bz2 ...
AMD Ryzen 5 5500X3D迄今为止最实惠的3D V-Cache CPU —— AM4插槽再次崛起, 视频播放量 29519、弹幕量 13、点赞数 261、投硬币枚数 4、收藏人数 29、转发人数 63, 视频作者 OS视界, 作者简介 ,相关视频:不到千元的游戏神U!AMD锐龙5 5500 X3D再次现身:99MB缓存!,千元
3 与此相同的主要记住，我搬了过来，我与匹配的鼻子段，轮井两侧的车辆。井通常设置为一个单独的管，其最上面的多边形（在侧视图看到）安装和焊接到鼻形件的网格（Fig04）。4 3D制作阿斯顿马丁V8跑车轮整合后，我搬了其余的车辆将多边形的战略要地，以确保它们一字排开的门，窗，通风孔和其他细节，该车的车身...