一. 16S-seq实验 所用示例数据使用Illumina公司两步PCR的方法进行扩增: 1st stage PCR, 使用含adaptor的16S rRNA基因的通用引物,比如505F-80R,799F-1192等; 2nd stage PCR, 使用含P5/P7,index,和adaptor的引物,给每个样品的序列加上特定的index 测序使用2x250bp双端测序。 Illumna 16S-seq实验流程 二. 安装...
Cas-16S-seq的方法是一种利用CRISPR/Cas9靶向切割植物16S rRNA基因序列从而富集扩增产物中细菌序列的方法 (图1) (Song和Xie,2020)。该方法操作简单,可以方便地整合到已有的16S-seq流程中,能高效率地消除共扩增的高丰度植物序列。我们的分析也表明Cas9具有高特异性,通过使用我们开发的生物信息学平台设计的植物特异的...
分析植物附属微生物群落的结构和动态测序文库制备过程中,利用设计出的特异性grna(guiderna)引导cas9切割植物宿主rrna基因,开发了一种高效的准确的16s-seq中去除宿主rrna的方法,大大降低了宿主rrna污染对16s-seq技术分析植物附属微生物群落的有效性以及其测序深度的影响,并且这种方法能广泛的用于植物附属微生物组分析中。
Cas9系统特异性剪切水稻rRNA序列的gRNA spacer序列,所述gRNA spacer的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～16任意一条序列所示.本发明提供的特异性gRNA spacer序列形成的gRNA序列能够引导Cas9实现16Sseq测序文库中水稻rRNA序列的特异性切割,实现16Sseq测序文库中微生物rRNA序列的富集.本发明为利用这种改进的16Sseq技术分析植物附属...
转录组测序/RNAseq/16s扩增子测序配套的耗材试剂? 转录组测序/RNAseq/16s扩增子测序操作规程? 转录组测序/RNAseq/16s扩增子测序使用注意事项? 相关仪器 全外显子测序(Whole Exome Sequencing, WES) ￥2380-2800 咨询 单细胞全基因组重测序 ￥11900-14000 咨询 转录组测序(RNA-Seq) ￥798-1000 咨询 单细...
MiSeq16S宏基因组测序-Illumina因美纳操作规程?使用注意事项? 参数规格 产地类别:进口供应商性质:生产商仪器种类:第二代DNA测序仪 通量:540 Mb–15 Gb读长范围:2 × 300 bp 产品介绍 仪器简介 Miseq测序仪采用基于边合成边测序技术(Sequencing-By-Synthesis,SBS)的新型测序技术。通过单分子阵列实现在小型芯片(Flow...
此外,还对添加丁酸梭菌的效果进行了评价,以确定其是否能防止盲肠菌群结构的破坏。百易汇能生物在本次研究中承担了16s测序分析工作。 2研究思路 图一 技术路线 3研究结论 在本研究中,作者采用共食预防(CP)的方法,研究了共食预防对新西兰大白兔盲肠稳态和微生物群的影响。作者将新西兰大白兔随机分为4组:对照(Con)...
康测科技研发的KC-Digital-16S rDNA测序产品,可在扩增前对样品中的每一个微生物V4区域添加唯一的UMI标签,在扩增、测序后对数字标签进行计数,可以完全去除PCR扩增的偏好性,实现数字化精确定量。同时还可准确过滤扩增、测序过程产生的错误,大大提高OTU分类的分辨率,实现对细菌株系进行鉴定。有助于对细菌突变频率、菌群...
RiboFR-Seq结合经典扩增子测序和Shotgun宏基因组测序,可以将16S rRNA和宏基因组的contigs的注释链接起来,做出一致的分类。 RiboFR-seq通过识别几乎所有的16S rRNA拷贝,可以有效地减少16S rRNA拷贝数变异引起的分类学丰度偏差。 背景 16S rRNA扩增子的缺陷是16S rRNA 的多拷贝(1~15)会影响对细菌丰度的准确评估。且...
转录组测序(RNA-Seq):对表达的mRNA进行测序,可获取机体在一定条件下的基因表达情况以及基因在表达层面变异情况,从而研究相关基因的作用机制。 小RNA测序(Small RNA Sequencing):对20-30bp长度的小RNA,如miRNA、siRNA、piRNA等,进行测序分析,可以研究其在生命调控过程的作用。 长链非编码RNA测序(Long non-coding RNA...