目前最主要的可变区选择是V4区和V3V4区,V4区长度为256bp左右,加上两侧引物长度为290bp左右,使用双端2x250bp或2x150bp可以测通,此外如454、life、Illumina Hiseq 4000的测序平台读长也可以主要涵盖该区段读长。例如采用Illumina Hiseq测序平台对该项目进行双端测序(Paired-end),测序得到了fastq格式的原始数据(样本...
16SrRNA 测序技术是最常用的高通量测序依赖的组学技术之一,该技术不用对微生物进行分离培养,直接提取样本里面所有微生物的基因组,利用合适的通用引物扩增16S rDNA/18S rDNA /ITS等高变区或功能基因,采用高通量测序仪Miseq、Hiseq或Novaseq对其进行测序,通过生物信息学分析可以获得特定实验样品中细菌、真菌或古菌等的物...
基于大量项目经验和文献调研, 目前最主要的可变区选择是V4区和V3V4区,V4区长度为256bp左右,加上两侧引物长度为290bp左右,使用双端2x250bp或2x150bp可以测通,此外如454、life、Illumina Hiseq 4000, Illumina Novaseq 6000的测序平台读长也可以主要涵盖该区段读长。 •16S V4 引物通用性是所有可变区中最高的 ...
colnames(seqtab.nochim0)<-paste(rep("OTU",ncol(seqtab.nochim)),1:ncol(seqtab.nochim),sep=""); ## 同上,将taxa表格中的分类信息用OTU+数据来代替。 taxa0<-taxa rownames(taxa0)<-paste(rep("OTU",ncol(seqtab.nochim)),1:ncol(seqtab.nochim),sep=""); head(taxa0); ## 将信息读入...
使用RNA-seq技术对宿主细胞的转录组进行测序,鉴定宿主细胞中的基因表达水平、差异表达基因和功能注释。 4.转录组+16S关联分析: 将微生物群落结构和宿主细胞转录组数据进行整合,利用O2PLS模型、相关系数模型、CCA分析等关联预测模型,全面探索微生物与基因之间的互作关系,寻找微生物群落中特定物种与宿主细胞中特定基因表达...
16S分析流程主要包括:Hiseq/Miseq测序获得的Paired-end (PE) reads拼接成一条序列,对目标序列进行质控过滤,过滤后的序列与参考数据库作比对,去除嵌合体序列得到最终得优化序列。基于优化序列进行OTU聚类分析和物种分类注释,基于OTU聚类结果进行多样性指数分析,基于分类学信息进行物种结构分析和物种差异分析。
实验方法:16S rRNA基因测序(小鼠粪便)+代谢组检测(小鼠脑脊液、血清和粪便)+单细胞测序(小鼠前额叶皮质(mPFC))+RNA-seq(小鼠mPFC) 研究思路: 从以下五个维度层层递进开展研究, 行为学水平——肠道菌群缺乏与恐惧记忆消退的关系 转录组水平——恐惧消退学习是否改变mPFC转录组 ...
RiboFR-Seq:将16S rRNA与宏基因组连接的方法 摘要 16S rRNA扩增子分析和宏基因组测序是研究微生物群落的两种主要的独立方法。近年来,许多研究将这两种方法结合起来使用,但下游的数据分析是分开进行的,在分类和功能上总是产生不一致或冲突的结果。 本文介绍了一种核糖体RNA基因测区域测序的新方法RiboFR-Seq,同时...
簇细胞,杯状细胞,Paneth细胞和肠内分泌细胞(或AtohKO缺乏)的比例均正确(图3A–D);对于簇细胞,消除了ATOH1独立的簇状细胞后,其数量经抗生素处理的野生型回肠中显著减少,这与少数ATOH1依赖的簇状细胞的持久性一致(图3C和E);此外,使用p-Creode分析簇状细胞的常规途...
Cas9系统特异性剪切水稻rRNA序列的gRNA spacer序列,所述gRNA spacer的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～16任意一条序列所示.本发明提供的特异性gRNA spacer序列形成的gRNA序列能够引导Cas9实现16Sseq测序文库中水稻rRNA序列的特异性切割,实现16Sseq测序文库中微生物rRNA序列的富集.本发明为利用这种改进的16Sseq技术分析植物附属...