Chao1 指数和ACE指数是用来评估样本中所含OTU数目的指数,从Chao1 指数和ACE指数可以看出,用 v4测序获得的结果要明显大于v3v4的结果。这是因为v4测序通量更高,测序深度更好,每个样下机的测序数据可以到10万条以上,一般在13万条左右,所以经过序列比对获得的OTU数目更多,相比较用v3v4测序每个样下机的数据大约在4到...
16S(V3V4)细菌扩增子建库试剂盒利用高通量测序技术对16S rDNA中V3-V4区片段进行扩增,结合生物信息学技术,检测特定环境下的微生物(主要是细菌),鉴定所检细菌种类,提供环境样本物种分类、物种丰度、种群结构、系统进化等诸多信息。本试剂盒中包含进行细菌16S rDNA扩增的所有试剂,16S扩增引物F/R用于扩增细菌16S rDNA前50...
Here, we compared fecal 16S analysis data from 192 Japanese volunteers using the modified V1鈥揤2 (V12) and the standard V3鈥揤4 primer (V34) sets to optimize the gut microbiota analysis protocol. Results QIIME1 and QIIME2 analysis revealed a higher number of unclassified representative ...
Claesson等基于SILVA数据库筛选获得27013 条高质量全长16S rRNA序列。在不考虑测序平台、测序质量等条件下,模拟对比6个常用连续扩增区域,发现V3-V4区和V4-V5区的在各分类层级鉴定的准确性最高(图3)[2]。 图3 区域鉴定效果对比 所以,一般情况,可优先选择V3-V4区和V4-V5区进行微生物多样性的分析。但是多样性分析...
一般而言,我们环境微生物组学常用的,也是认可度比较高的测序区域是V3-V4,V4-V5,或者单测V4区。 那不同的测序区域对于我们的数据结果有什么影响呢? 中科院的周宁一老师,2013年在AEM杂志发表文章(IntragenomicHeterogeneity of 16S rRNA Genes Causes Overestimation of Prokaryotic Diversity),研究比较了16S不同区域的...
本制品是使用Illumina公司MiSeq对细菌丛16S rRNA进行解析时使用的PCR扩增试剂盒。以细菌16S rRNA基因的V3-V4区域为对象,使用对多样序列能有效扩增的PCR酶Tks Gflex™DNA Polymerase进行扩增。 引物是采用设计在常用的高效扩增区域(V3-V4)上的341F、806R(见图1),在引物的5’端连有Illumina MiSeq用的overhang序列...
Illumina MiSeq测序仪可以在单次运行中产生高达2x250bp(或2x300bp与v3 chemistry) 的8.5 Gb双端测序...
16S rRNA gene amplicon sequencing (16S analysis) is widely used to analyze microbiota with next-generation sequencing technologies. Here, we compared fecal 16S analysis data from 192 Japanese volunteers using the modified V1–V2 (V12) and the standard V3–V4 primer (V34) sets to optimize the...
值得注意的是,在GG和RDP的注释结果中,V4(F)相比于V3(C)和V6(F)在覆盖率和注释率上从门到属水平上均具有较为明显的优势。同时V4(F)的这种优势同样体现在覆盖范围上。可见GG和RDP与SILVA注释的结果基本一致;V4(F) 不但可以覆盖更多的常见门类,而且在覆盖率和注释率上具有较为明显的优势;因此V4(F)可以被...
and broad-range research analyses of mixed microbial populations. The kit uses two primer pools to amplify seven hypervariable regions (V2, V3, V4, V6, V7, V8, and V9) of bacterial 16S rRNA. The combination of the tw...