如果需要全面了解微生物群落信息,且预算充足,16S检测更为实用。 如果只需要了解部分细菌种类,且希望降低成本,V3-V4区测序更为实用。 因此,在选择时需要根据具体的研究目的、预算和样本类型来决定。
1) 查找保守区域：通常情况下，V3区域的大致位置是在全长序列的500-600碱基处，V4区域在全长序列的800...
16S rRNA基因的V3-4区域和V4区域在进行微生物群落分析时有一些不同的特点。 1.序列覆盖范围: V3-4区域:覆盖16S rRNA基因的第三和第四可变区。这个区域比V4区域更长,提供更广泛的序列信息。 V4区域:只包含第四可变区。这个区域较短,但仍能提供关于微生物群落的有用信息。
Osman等使用V1-V3、V4-V5(515F/907R)、V6-V8引物分析婴幼儿粪便微生物,并与宏基因组结果对比,发现V4-V5检测双歧杆菌(Bifidobacterium)的准确度较低[6]。 另一方面,我们基于引物位点出现的频率(文章数量)粗略统计各类型引物的使用情况(表3)。 由统计结果看,341F/806R和515F/907R使用率都较高,其中341F/806...
16S rDNA全长约1500bp,由V1-V9九个可变区和若干保守区组成。我们扩增的是其中的V3-V4区。尽管这段区域在不同物种间差异度更高,但不能保证将所有的细菌种类完全鉴定区分,这也是扩增子测序对鉴定出的微生物有分类水平限制的重要原因之一。 了解完...
•16S V4 引物通用性是所有可变区中最高的 传统的认知中,普遍认为测序片段越长,测到物种数据就越多,故倾向选择16S V3V4。然而16S V4(515-806)引物通用性相对是所有可变区中最高的。且在大规模菌群调查研究中,如人体菌群研究HMP,...
•16S V4 引物通用性是所有可变区中最高的 传统的认知中,普遍认为测序片段越长,测到物种数据就越多,故倾向选择16S V3V4。然而16S V4(515-806)引物通用性相对是所有可变区中最高的。且在大规模菌群调查研究中,如人体菌群研究HMP,地球微生物计划EMP,欧洲的FGFP、美国肠道计划AGP以及全球土壤菌群调查,都采用V4区...
以呼吸道微生物组研究为例:探索一步或两步PCR方案在16S V3V4与V4基因区域的偏差 谷禾健康 迄今为止,已经有了许多对呼吸道微生物组通过16S rRNA高通量测序的研究。这其中所有基于扩增子的研究的共同之处就是PCR的应用: 一是扩增待测序的目标标记基因,
本文试图确定对16S rRNA V3V4与V4基因区域的一步或两步PCR的建库方案对上呼吸道和下呼吸道微生物组的影响对收集的样本进行了三个设置下的lllumina MiSeq测序设置1(两步PCR,V3V4区域)设置2(两步PCR,V4区域)设置3(一步PCR,V4区域)分别对这三个设置产生的测序数据进行分析结论PCR步骤数量的差异会影响对呼吸道微...
本制品是使用Illumina公司MiSeq对细菌丛16S rRNA进行解析时使用的PCR扩增试剂盒。以细菌16S rRNA基因的V3-V4区域为对象,使用对多样序列能有效扩增的PCR酶Tks Gflex™DNA Polymerase进行扩增。 引物是采用设计在常用的高效扩增区域(V3-V4)上的341F、806R(见图1),在引物的5’端连有Illumina MiSeq用的overhang序列...