Key words:obstructive sleep apnea; gut microbiota; 16S rRNA; diversity; high-throughput sequencing 引用本文 朱继伟, 卢曼路, 焦倩倩, 孙运良, 刘璐, 丁红红, 于燕, 潘磊. 基于16S rRNA测序分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者肠道靶标菌群的变化[J]. 南方医科大学学报, 2024, 44(1): 146-155....
2023. High-throughput analysis using 16S rRNA sequencing of bacterial communities associated in selected mangrove species from Bayug Island, Iligan City, Philippines. Biodiversitas 25: 53-61. Mangrove ecosystems are recognized globally as highly productive ecosystems, that play a crucial...
此外,SILVA也可被用于平时菌种鉴定时,对rRNA基因sanger测序后的物种进行分类鉴定,此时主要用其SINA Alignment Service功能(https://www./aligner/),可非常方便地确定某条rRNA基因序列从门到属/种水平的分类信息并给出各分类水平相应的置信度。 RDP数据库全称“RibosomalDatabase Project”,该数据库提供质控、比对、注释...
were collected from all the participants for analysis of microbiome composition using 16S rRNA high-throughput sequencing analysis.The alpha diversity,beta diversity,and species difference were determined between the two groups and marker species analysis and metabolic pathway function prediction analysis ...
摘要:目的利用16s rRNA高通量测序技术分析糖尿病足骨髓炎(DFO)感染骨组织中病原微生物特点,为临床感染病原菌的鉴定及治疗提供快速、准确的方法。方法收取2016年9月～2017年4月于本科室住院的16例DFO患者清创术中获取的感染骨标本,分别利用16s rRNA高通量测序技术和血培养分析仪进行病原微生物的鉴定,分析16s rRNA测...
High throughput sequencing flow chart · 数据库:Silva,GreenGene,RDP 微基生物拥有Silva,GreenGene,RDP三大数据库。其中Silva数据库涵盖了古细菌16S rRNA基因序列及其对应分类信息18797条。 · 高通量测序 目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina,BGI,PacBio和Thermo Ion。其中Illumina平台的测序...
中文关键词:16S rRNA高通量测序安格斯牛瘤胃微生物多样性功能预测 英文关键词:16S rRNA high-throughput sequencingAngus cattlerumenbacterial diversityfunctional prediction 基金项目:内蒙古自治区“草原英才工程”青年创新创业人才第一层次培养项目(Q2017022);内蒙古自治区自然基金面上项目(2018MS03022,2017MS0342);内蒙古...
介绍SMRT测序技术在微生物16S rRNA基因测序中的优势和劣势,并就基于SMRT测序技术所得的全长16S rRNA基因序列的质量控制、错误序列排除、聚类和注释分析等重要分析环节进行概述,同时,提出利用SMRT测序技术研究复杂环境微生物可能存在的问题及其解决方法,期望能为研究人员提供参考。 关键词: 单分子实时测序技术, PacBio RS...
PCR amplification of 16S rRNA high variable region (V3/V4 region) of bacteria was performed by using universal primers. The sequencing of 5、amplicons was conducted by using Illumina Miseq PE250 high-throughput sequencing technology, and bioinformatics analysis of sequencing sequences was performed...
Key words: environmental microbiomics ;high-throughput sequencing ;16S rRNA gene ;minimum taxonomy unit ;bacterial diversity 微生物是地球上数量最多,物种和功能多样性 最高的生物,广泛分布于自然环境中,维持着生态 系统的物质循环和能量流动[1-2].16S rRNA 基因具 有高度的保守性及特异性,被广泛应用于细菌...