16S rRNA基因测序一般是利用测序平台对16S rRNA基因的V3-V4或V4-V5可变区进行测序,以此来研究微生物多样性。 高通量测序技术又称“下一代”或“二代”测序技术(Next Generation Sequencing, NGS)。相对一代测序技术(Sanger Sequencing),NGS 一次并行对几十万至几百万条DNA分子进行测定及读长较短等为标志。 目前...
16S rRNA基因测序区域和测序深度对菌群α多样性指数分析具有明显影响,增加测序深度可以检测到样本中极低丰度微生物类群。鉴于Illumina MiSeq高通量测序平台读长及测序成本等问题,基于引物515f和806r扩增的V4区测序被广泛使用,是发起于2010年的地球微生物组计划(Earth Microbiome Project,http://www.earthmicrobiome.org/)...
南湖新闻网讯(审核人 宋露洋)近日,我校作物遗传改良国家重点实验室谢卡斌课题组在Microbiome发表了题为“Engineering CRISPR/Cas9 to mitigate abundant host contamination for 16S rRNA gene-based amplicon sequencing”的研究论文,论文报道了一种改进的细菌16S rRNA基因高通量测序方法。 Cas-16S-seq方法示意图 16S-seq...
南昌大学食品科学与技术国家重点实验室熊涛等人于2019年7月22日在International Journal of Food Microbiology发表题目为《Bacterial community and composition in Jiang-shui and Suan-cai revealed by high-throughput sequencing of 16S rRNA》的文章,该文章深入研究了传统浆水菜和酸菜的微生物组成和细菌特征,并证明微生...
使用16S rRNA测序分析了171名非酒精性脂肪肝的亚洲人患者和31名对照者的肠道微生物组;一个独立的西方队列用于外部验证。受试者根据非酒精性脂肪肝的组织学或纤维化严重程度分为三个亚组。非肥胖受试者的纤维化严重程度与微生物多样性的显著变化相关。Ruminococcaceae和 Veillonellaceae是非肥胖受试者中与纤维化...
如果不知道样品的diversity,一般建议先对样品做一个 16S rRNA测序的survey,来看一下你的样品里面大致有多少种微生物。 抗性基因和毒力基因分析所用数据库是什么? 随着人们对抗性基因相关研究的广泛关注,我们宏基因组的标准分析中推出了抗性基因的相关分析。并且,由于自2009年ARDB数据库再无更新,因此我们目前所用的抗性...
其次，16s也可以指16s DNA测序，这是一种常用的高通量测序技术。通过测序细菌样本中的16s rRNA基因，可以获得大量的16s序列数据，用于细菌的分类和群落分析。这种测序方法已经在环境微生物学、生态学和医学研究中取得了重要的突破，并且成为了解细菌多样性和功能的关键技术。最后，16s还可以指16s rRNA分析，...
16S rRNA V4区基因片段的扩增与测序 取质量合格的DNA样品30ng为模板及相应的融合引物515F/806R配置PCR反应体系,扩增其中的16S rRNA V4区基因,使用Agencourt AMPure XP磁珠纯化PCR扩增产物并溶于Elution Buffer,贴上标签,完成文库构建。使用Agilent2100生物分析仪对文库的片段范围及浓度进行检测。检测合格的文库根据插入...
运用生物技术:16S rRNA基因测序、靶向代谢组学+非靶代谢组学 研究背景 大剂量电离辐射的毒性会诱发急性辐射综合症,进一步表现为造血、胃肠道和脑血管综合症。肠道是辐射的主要目标,也是肠道菌群的生长场所。尽管少量描述性研究已显示肠道菌群与辐射引起的损害之间存在潜在相关性,但其基础仍然不清楚。