(The 16S rDNA V4 region was amplified by PCR and sequenced in the MiSeq platform (Illumina) using the 2×250 bp paired-end protocol yielding pair-end reads that overlap almost completely. The primers used for amplification contain adapters for MiSeq sequencing and single-index barcodes so tha...
16S rDNA sequencingThere appears to be a close correlation between intestinal microbiotas and obesity. Still, our understanding of the relationship between the intestinal microbiota and body-mass in grass carp (Ctenopharyngodon idella) remains limited. Herein, we explored this association in the ...
目的通过16S rDNA高通量测序分析带状疱疹患者与健康人群肠道菌群多样性、结构及丰度差异,分析带状疱疹与肠道菌群关系。方法选取2022年1月至2023年12月就诊于江阴市中医院疼痛科的带状疱疹患者30例(HZ组),同时选取30例健康人作为对照组(HC组)。提取研究对象粪便样本中细菌总DNA,根据16S rDNA V3-V4高变区设计引物进行...
Woo, P.C., Lau, S.K., Teng, J.L., Tse, H., Yuen, K.Y. Then and now: use of 16S rDNA gene sequencing for bacterial identification and discovery of novel bacteria in clinical microbiology laboratories.Clin Microbiol Infect.14(10):908-934. (2008) Tang, Y.W., Ellis, N.M., Hop...
它是利用已测得16S rDNA序列中已知的各种OTU的相对比例,来计算抽取n个(n小于测得reads序列总数)reads时出现OTU数量的期望值,然后根据一组n值(一般为一组小于总序列数的等差数列)与其相对应的OTU数量的期望值做出曲线来。 至此,我们虽然知道了稀释曲线的由来,那么这个五彩缤纷的稀释曲线该怎么看呢?
细菌16S rDNA基因 宏基因组测序则是将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段,然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序,再通过组装的方式,将小片段拼接成较长的序列。 研究目的不同 16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。 宏基因组测序在16S测序分析的基础上还可以进行基因和功能层面...
16S rRNA基因,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类研究中最有用的和最常用的分子标志。通过16S扩增子高通量测序,检测16S rDNA可变区的序列变异和丰度,可了解样品中微生物群落多样性和丰度信息,在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起着重要的作用。
它是利用已测得16S rDNA序列中已知的各种OTU的相对比例,来计算抽取n个(n小于测得reads序列总数)reads时出现OTU数量的期望值,然后根据一组n值(一般为一组小于总序列数的等差数列)与其相对应的OTU数量的期望值做出曲线来。 至此,我们虽然知道了稀释曲线的由来,那么这个五...
Microbiota analysis with next-generation 16S rDNA gene sequencing in recurrent common bile duct stones[1]. 研究方案:内镜下逆行胰胆管造影术(ERCP)是胆结石的主要治疗方法,但术后复发率很高。最近研究表明胆道微生物群参与胆石症的发病机制。然而胆道微生物群失调与复发性胆石症相关性机制尚未得到研究;本课题通...
16S rDNA是原核生物编码核糖体30S小亚基组分(16S rRNA)的基因,全长1500bp左右,包括9个可变区(V1-V9)和10个保守区,是目前最适于细菌系统发育和分类鉴定的指标。一般二代扩增子只针对1-2个高变区,而三代扩增子则是对16S rDNA全长进行测...