为了定位 CSCC 组织中 CAF 的空间分布,采用了 Moncada 等人开发的多模态交叉分析 (MIA) 方法,整合snRNA-seq和ST数据(关于MIA的方法,大家可以参考我的文章MIA用于单细胞和空间的联合分析)。简而言之,该方法计算了由snRNA-seq数据识别的细胞类型特异性基因与由ST数据表征的区域特异性基因的表达水平的重叠程度。由此产...
使用单核RNA测序(snRNA-seq)对小鼠腰椎脊髓进行了分析,设计了八个实验条件的进展,这些条件捕获了EESREHAB的关键治疗特征。从82,093个细胞核中获得了高质量的转录组,这些细胞核均匀分布在所有8种条件下的24只小鼠中。 所以总共是24个样品 但是提供下载的数据虽然是三文件,但确是整合起来的三个文件: GSE184370_barco...
通过来自两种条件的 snRNA-seq 数据的联合聚类,共鉴定了 9 种细胞类型:血管内皮细胞(vEC,由 VWF 标记),成纤维细胞(FB,由 PDGFRA 标记),心肌细胞(CM,由 TNNT2 标记), 周细胞(KCNJ8 标记)、骨髓细胞(C1QA 标记)、平滑肌细胞(SMC,MYH11 标记)、淋巴细胞(IL7R 标记)、神经元细胞(NRXN1 标记)和淋巴管内皮...
图1 snRNA-seq 发现CDH12+肿瘤细胞群 为了深入了解新发现的上皮细胞群体的生物学起源和分化途径,研究人员再对4个正常的膀胱组织进行snRNA-seq分析,发现了基底,间质细胞和伞型细胞群体,而之前认为高表达基因均在CDH12群体中表达更低,比如TERT和SOX4。通过速率分析发现群体分化有两种途径,一种是通过CDH12群体,另一...
snRNA-seq分析来自细胞核而不是完整细胞的表达谱。与完整细胞(约 11,000 个基因)相比,从细胞核(约 7,000 个基因)中检测到的转录物更少。在某些情况下,相比scRNA-seq,snRNA-seq可能是首选方法。 snRNA-seq的一些优点: 适用于难以分离的样本(例如脂肪细胞)以及冷冻组织 ...
snRNA-seq|首个灵长类动物心肺的单细胞转录组图谱 揭示新冠易感人群 Nature Medicine | 单细胞免疫组库揭示溃疡性结肠炎中结肠T细胞图谱 单细胞转录组+ATAC-seq+RNA-seq:解析西妥昔单抗耐药性 Science |单细胞+T细胞免疫组揭示胸腺细胞的发育轨迹 单细胞转录组+...
具体来说,从Visium数据中的“富集模型”获得的富集层表达谱和差异表达统计数据可用于空间“定位” snRNA-seq数据集,并添加层富集信息至不包含固有解剖信息的数据驱动表达簇中(图4)。这种“空间定位”可应用于任何现有snRNA-seq或scRNA-seq数据集,以补充解剖位置信息。
具体来说,从Visium数据中的“富集模型”获得的富集层表达谱和差异表达统计数据可用于空间“定位” snRNA-seq数据集,并添加层富集信息至不包含固有解剖信息的数据驱动表达簇中(图4)。这种“空间定位”可应用于任何现有snRNA-seq或scRNA-seq数据集,以补充解剖位置信息。
作者想知道TIMs是否是小鼠模型所特有的,利用Seurat将10个已发表的人脑SnRNA数据集与文中的多组学数据相结合,发现TIMs在10个数据集中都有被鉴定到,频率与多组学数据相当,并且无论是酶解还是Dounce研磨的样本处理方法,TIMs都有检测到,表明TIMs状态不是由于样本处理过程中体外应激产生的。接下来,作者探究了各种因素对TIMs...
作者想知道TIMs是否是小鼠模型所特有的,利用Seurat将10个已发表的人脑SnRNA数据集与文中的多组学数据相结合,发现TIMs在10个数据集中都有被鉴定到,频率与多组学数据相当,并且无论是酶解还是Dounce研磨的样本处理方法,TIMs都有检测到,表明TIMs状态不是由于样本处理过程中体外应激产生的。接下来,作者探究了各种因素对TIMs...