在这一模块,我们可以完成RNA-seq数据分析的前两步:1、数据质控和过滤低质量数据;2、基因组组装,计算基因表达量。对于上面两部,尔云又根据是双端测序还是单端测序,分了两块。以edgeR为例,输出的DEGs.txt就是根据我们设定的参数得到的差异表达基因的列表,有geneSymbol, logCPM, PVlue信息。 图2.测序数据处理模块...
是两种应用广泛的高通量 RNA 分析技术,关于他们的比较下列说法错误的是( )A.他们的通量均较高B.RNA−Seq 分析的样本可以达到纳克级别,而基因芯片则只能达到微克级别C.相比于基因芯片,RNA−Seq 的定量精确度较低,这与其基于第二代测序有关D.基因芯片技术的应用有必要参考基因组或已知序列,而 RNA−Seq 则无...
而且多个超高通量单细胞RNA-seq系统引起了人们的关注,但尚未对这些单细胞RNA-seq系统进行系统的比较分析。在此,本文学者使用相同的细胞系和生物信息学分析方法对三大基于微滴技术的超高通量单细胞RNA测序系统---inDrop,Drop-seq和10X Genomics Chromium进行比较分析,重点关注每个系统的显着特征和合适的应用方向。 论文...
综上,通过对拟南芥根进行单细胞RNA转录组分析,进行细胞亚群的鉴定和细胞分化的轨迹分析,可以发现植物组织中的异质性,为以后的植物内部的平衡性研究和环境胁迫研究起到十分重要的作用。
该研究建立了一种针对大量样本的转录组文库构建和测序方法。该方法文库构建和测序的总费用约为45 RMB/样品,只有常规RNA-seq方法成本的1/10,适合于高通量的基因表达分析和基因型分析。 MP3RNA-seq文库构建流程示意图 中国农业大学农学院博士后陈建和博士生张湘博为该论文的第一作者,赖锦盛教授和博士后陈建为通讯作者。
未经作者授权,禁止转载 微信公众号: geneXplain 转录因子数据库 TRANSFAC 的工具栏提供了数据分析的相关工具,MATCH Tool 用于预测转录因子结合位点,FMatch则提供了关于基因级微阵列或 RNA-seq 数据集、ChIP-seq 数据集和转录级 RNA-seq 数据集的分析工作流。 展开更多 ...
同花顺(300033)金融研究中心01月16日讯,有投资者向 华大基因 (300676)提问, 贵公司被相关机构及媒体新增“ 数据要素 ”概念。有两个问题需要提问:(1)三季报披露的数据资产总额为625.75,分列为无形资产,开发支出,请问具体资产... 网页链接
转录组测序‖带你入门不踩坑之第11篇 | #转录组测序 是指利用新一代高通量测序技术对组织或者细胞中所有RNA反转录成cDNA进行测序研究,全面快速获得某一特定样品特定时期的几乎所有RNA序列信息的一种分析技术,可以用于研究基因的表达量、功能、结构、可变剪接和新基因预测等。
进行常见的高通量测序分析的工作流和工具的集合,以及相关的基础结构。 请参阅文档。 参考工作流程 DAG参考资料工作流程: RNA-seq工作流程 DAG用于RNA-seq工作流程: ChIP-seq工作流程 DAG for ChIP-seq工作流程: 所需:1积分电信网络下载 竣工结算表格.docx ...