4.3 顺式作用元件可视化 顺式作用元件是位于基因组上的非编码序列,它一般位于基因序列的附近,主要作用是调控基因的表达。在文章中,作者的构思巧妙,将顺势作用元件依据其对应的植物生长发育功能分为三类,进行可视化展示。仿照文章思路,我们首先选取SBT基因家族各基因上游2000bp的序列。这里我写了一个脚本来完成这件事。...
可视化过程:BV1uf42117yT植物顺式作用元件预测网址(PlantCARE):http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/最重要的新学了一个Excel小技巧,Ctrl+G 根据条件批量选中定位,在视频中用于批量删除注释空白行,及不需要的顺式作用元件行。, 视频播放量 5
首先需要准备一个序列长度文件,所有都是2000bp的启动子序列 随后是使用上一步得到的顺势作用元件位置信息,打开TBtools进行可视化 设置输入信息 点击Start即可得到图片...不过默认输出的图片有点长,基于JIGplot的特点,自己拖拽几下即可得到下图 可以看到,似乎有一个序列是AT1G35240.1带有明显增多的生长素响应元件?!具体生...
标题:顺式作用元件结果可视化 作者:dragonDW 时间:2022/2/12 #安装相关函数包packages=c("ggsci","aplot","RColorBrewer","tidyverse","ggpubr","ggh4x","cowplot","ggplotify","grid")for (i in packages) { if (!require(i,character.only=T, quietly=T)) { install.packages(i) libra...
基因家族鉴定-顺式作用元件可视化2 工具TBtools两个插件 先把条形图做出来,热图可以用R或者tbtools做。 需要准备的文件,基因名tab长度 的list,顺式作用元件tab start tab end tab 描述,进化树,treerename。 放进去改一下null ele type条形图就出来了。
TBtools使用之启动子顺式作用元件可视化 准备文件1: 从plantPAN数据库的得到的分析结果 将文件格式修改: 准备文件2: 打开软件选择如下: 点击start即可,保存图片选择pdf,jpg©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销...
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一图详细展示顺式作用元件#进化树&顺式作用元件可视化&气泡图&堆积图#Tbtools、Excel和AI绘制教程 1511播放 使用pfam进行基因家族鉴定【生物信息学】 3.3万播放 Graphpad prism 9中用abcd标注显著性方法(此方法适用于任何有多重比较结果的标注) 3232播放01
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