可视化过程:BV1uf42117yT植物顺式作用元件预测网址(PlantCARE):http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/最重要的新学了一个Excel小技巧,Ctrl+G 根据条件批量选中定位,在视频中用于批量删除注释空白行,及不需要的顺式作用元件行。, 视频播放量 5
顺式作用元件是位于基因组上的非编码序列,它一般位于基因序列的附近,主要作用是调控基因的表达。在文章中,作者的构思巧妙,将顺势作用元件依据其对应的植物生长发育功能分为三类,进行可视化展示。仿照文章思路,我们首先选取SBT基因家族各基因上游2000bp的序列。这里我写了一个脚本来完成这件事。需要用到的文件是凤梨基因...
5.使用TBtools对顺势作用元件进行可视化 首先需要准备一个序列长度文件,所有都是2000bp的启动子序列 随后是使用上一步得到的顺势作用元件位置信息,打开TBtools进行可视化 设置输入信息 点击Start即可得到图片...不过默认输出的图片有点长,基于JIGplot的特点,自己拖拽几下即可得到下图 可以看到,似乎有一个序列是AT1G35240....
顺势作用元件,基于其定义,并不一定就是启动子区域,也可以在内含子里面,还可以在邻近的基因里面。所以他跟启动子似乎并没有直接关系。只是,启动子从定义上来谈,就是RNA聚合酶(如pol II)被招募并结合的区域附近。这一区域应是有较多的转录因子(反式作用因子)和转录调节子,所以自然是存在较多的顺势作用元件。 说到...
!!!,注意上图是**顺式作用元件在启动子上的批量可视化,当然最后坐标要自己调,直接全部-2000bp,5' 和 3' 替换 ** 写在前面 以前总看到问题是,基因结构可视化的问题;现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单,也比较玄乎,所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网,手上的工作无法正常...
之所以说这个分析玄乎,在于他真的玄乎。顺势作用元件,基于其定义,并不一定就是启动子区域,也可以在内含子里面,还可以在邻近的基因里面。所以他跟启动子似乎并没有直接关系。只是,启动子从定义上来谈,就是RNA聚合酶(如pol II)被招募并结合的区域附近。这一区域应是有较多的转录因子(反式作用因子)和转录调节子,所...