工欲善其事必先利其器,做铁死亡研究离不开铁死亡相关数据库的支持,第一个铁死亡相关数据库FerrDb V1(http://www.zhounan.org/ferrdb/legacy/)于2020年发表。 为了跟上铁死亡研究的快速进展,并提供及时和高质量的数据,该数据库进行了升级,所以有了我们今天要介绍的FerrDb V2(http://www.zhounan.org/ferrdb/curr...
21个基因表达下调;②GO、KEGG通路富集显示差异主要集中在丝氨酸型内肽酶活性、先天免疫反应、特殊颗粒管腔、肾素分泌等;③PPI网络显示差异基因的相关性,CytoHubba选出Degree值前10的Hub基因;④Hub基因与FerrDb铁死亡数据库及细胞焦亡数据集取交集得到关键基因ELANE、LCN2;⑤受试者工作特征曲线及箱图表明,ELANE、LCN2在...
方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载血清来源的GSE123568数据集,包括10个非激素性股骨头坏死(类固醇给药后)样本和30个激素性股骨头坏死样本;从FerrDb数据库整理铁死亡相关基因。通过将GSE123568数据集与铁死亡基因集映射,筛选激素性股骨头坏死中铁死亡相关的差异基因,通过“clusterProfiler”R包分析差异基因的基因本体论(GO...
方法从KEGG数据库中获取铁死亡相关基因,从TCGA数据库中获取皮肤黑色素瘤的样本数据,采用R包从TCGA数据库中获取对应样本的临床信息,单因素Cox回归分析筛选预后相关基因,Lasso回归用于进一步进行变量的选择,基于ggrisk包进行预后模型的构建,survival 包及...
数据库收录信息 该数据库收录了1001个铁死亡调节因子和143个铁死亡-疾病关联。其中,驱动基因有264个,抑制基因有238个,标记基因有9个,未分类基因有110个;物质调节剂有380种,其中诱导剂有201种,抑制剂有179种。 与V1版本相比,V2版所收录的文章增加了300%,铁死亡调节因子增加了175%,铁死亡-疾病关联增加了50.5%。V2...
数据库收录信息 该数据库收录了1001个铁死亡调节因子和143个铁死亡-疾病关联。其中,驱动基因有264个,抑制基因有238个,标记基因有9个,未分类基因有110个;物质调节剂有380种,其中诱导剂有201种,抑制剂有179种。 与V1版本相比,V2版所收录的文章增加了300%,铁死亡调节因子增加了175%,铁死亡-疾病关联增加了50.5%。V2...
STAT3的表达水平相对于正常样本显著升高,这与GSE123568数据集血清样本表达一致;⑥结论:通过生物信息学分析挖掘出30个激素性股骨头坏死中铁死亡相关的差异基因,通过构建其PPI网络和外部数据集交叉验证,筛选得到PTGS2和STAT3有望成为潜在诊断生物标志物的Hub基因,为进一步深入探索激素性股骨头坏死铁死亡相关的作用机制和诊断...