LD衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程;LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群间,差异非常大。所以,通常会使用“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢,不同文章中“LD衰减距离”标准不同,常见的标准有:LD系数降低到最大值的一半、LD系数降低到0.5以下、LD系数降低到不同物种的基线水平等,我们在阅...
从图中我们可以看出,西双版纳这个亚群体(紫色线)在基因组上50kb距离的平均LD系数大小约为0.4,但到了100kb的距离,对应的平均LD系数大小则降低到了不到0.3。而且,我们从图中也可以观察到LD系数的衰减速度在不同的亚群体快慢不同,衰减速度是 india > East Asian& Eurasian > Xishuanbanna。那说明india群体的LD衰减...
LD衰减图就是利用曲线图来呈现基因组上分子标记间的平均LD系数随着标记间距离增加而降低的过程。大概的计算原理就是先统计基因组上两两标记间的LD系数大小,再按照标记间的距离对LD系数进行分类,最终可以计算出一定距离的分子标记间的平均LD系数大小。如图3是黄瓜重测序文章中统计各个亚群体的LD衰减速度的图形。横坐标...
LD的衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程;LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群间,往往差异非常大。所以,通常会使用1个标准——“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢。 LD衰减距离通常指的是:当平均LD系数r2 衰减到一定大小的时候,对应的物理距离。“一定大小”是这个定义的关键点,但没有特别...
Ratio: 定义为attenuation ratio = (LDSC intercept – 1) / (mean χ2 – 1), 衰减比:用来估计混淆因素与遗传效应的相对平衡 参考: 连锁不平衡分数回归 LD score regression Bulik-Sullivan, B., Loh, PR., Finucane, H. et al. LD Score regression distinguishes confounding from polygenicity in genom...
连锁不平衡（LD）是指不同位点等位基因的非随机关联。LD 的衰减是受重组率和重组代数影响的，研究 LD 的衰减可以揭示群体重组的历史。假如位于同一染色体的两个等位基因（AB）同时存在的概率大于人群中因随机分布而同时出现的概率，称这两点处于LD状态。一般在LD的度量中最常见的是D'和r2。当D'=0，r2...
LD的衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程；LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群间，往往差异非常大。所以，通常会使用1个标准——“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢。LD衰减距离通常指的是：当平均LD系数r2 衰减到一定大小的时候，对应的物理距离。“一定大小”是这个定义的关键点...
如果D值显著偏离0,则说明存在LD。随着两个位点间重组的发生,它们之间的 LD 将逐渐衰减。D 受两个位点间的重组率 θ 和传递代数 t 的影响:Dt =(1-θ)tD。因为所有的单倍型和等位基因的频率都在 0 到 1的范围内,因此 D 的取值范围也是有限的:Dmin =max(-PAPB, -PaPb) = min(PAPB, PaPb);Dmax ...
LD:当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时,就称这两个座位处于连锁不平衡状态(linkage disequilibrium)。 LD衰减(LD Decay): 指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程;LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群间,往往差异非...
遗传群体分析中 连锁不平衡LD 关建词: LD, LDdecay ,LDBlock,LDHeatmap, GWAS , Annotation , Locuszoom ,GFF 作图 在这要分两情况,一上从整体上评价连锁程度,二是从局部查看该区间的具体关联情况 A:整…