连锁不平衡 linkage disequilibrium LD 通过Bivariate LD Score regression估计遗传相关性 genetic correlation 基于功能分类分割遗传力 – 分层LD分数回归 Stratified LD score regression 1. 理论基础 什么是LD score? SNP j的LD score可以被定义为该SNP与一定范围内其他SNP的r2之和。 LD score 衡量了该SNP标记的遗...
LD score regression通过将卡方统计量与连锁不平衡（linkage disequilibrium）进行回归，得到的截距减1为干扰因素平均效应的估计值。为了执行LD score regression，可以使用名为ldsc的Python脚本，从作者的GitHub仓库中获取。该过程需要配置Anaconda环境并下载相关的包。此外，作者提供了处理好的欧洲（European）和...
LD score 衡量了该SNP标记的遗传变异性的大小。 为什么要做 LD score regression? 在GWAS研究中,多基因性(polygenicity,即若干较小的基因效应)和干扰因素引起的偏差(如隐性关联 cryptic relatedness,群体分层population stratification等)都会造成检验的统计量的分布偏高(inflated)。但我们并不能分辨偏高的统计量到底是来...
连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC - 来自知乎专栏「GWASLab」,作者: GWASLab O连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC (想看更多?下载 @知乎 App:S知乎)36471075这篇文章method部分几乎都和LDSC相关。 连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC 通过Bivariate LD Sc...