如图1中,就直观反映了在1个局部调控网络中,转录因子(三角形)—miRNA(方形)—靶基因(圆形)间复杂的调控关系。 图1 转录因子—miRNA-靶基因调控网络图 这个图形在CNS级别的文章中也常常出现,而且往往以非常华丽的方式出现。例如,在2014年,在《Science》上发表的研究6倍体普通小麦种子发育过程基因...
2、网络图美化---挑选转录因子 因为所有的DGE都在图中,包括转录因子在内。这时,我们可以通过筛选将转录因子先挑出来。 图片.png 图片.png 图片.png 图片.png 以此类推找出所有的转录因子 但是遇到了问题,由于基因过多,导致搜索的基因凸显不出来 图片.png 解决办法:我们可以先将这些基因按照规则排列起来,比如,圈...
其实我想画这张图,是scenic分析后转录因子的调控图。 image.png 出自健明大佬分享的教程SCENIC转录因子分析结果的解读 我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。回去找了教程,看到ceRNA调控网络和这个图好像。长这样 image.png 遂打算先学会ceRNA这个图,然后把数据迁移到scenic转录因子。 健明大佬给分享了cytoscape...
第二个步骤是计算转录因子的活性。对每一个找到的差异表达的转录因子，NetAct把其调控的靶向基因成员分成...
图1. 恶性疟原虫红细胞期不同发育阶段的AP2转录因子调控网络 综上,该研究通过表观遗传学组学分析,结合疟原虫基因功能研究,首次绘制了恶性疟原虫AP2转录因子家族的协同调控网络图谱,并揭示了不同AP2转录因子对异染色质相关基因的调控功能。...
作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA...
图3. DeepTFni从调控网络的角度揭示关键转录因子在MPAL中的作用 结语 综上所述,该工作构建了人类多种细胞的转录因子调控网络,并从中鉴定出造血系统分化和肿瘤发生中的“枢纽”转录因子,从而辨识出细胞状态改变的潜在驱动因素。作为一种构建转录因子调控网络的人工智能工具,DeepTFni可以帮助生物医学研究人员透过纷繁复杂...
该研究首次在单细胞水平解析了玉米根系细胞对热胁迫的特异性响应机制,绘制了一个包含超过35,000个有效细胞的单细胞时空转录图谱,构建了细胞类型特异性响应高温的转录调控网络,揭示了热胁迫下植物根系的细胞异质性、根系类型的差异和分化轨迹,鉴定了单双子叶植物对热胁迫响应的关键核心基因,发现皮层是应对热胁迫最重要的...
近日,中国农业大学宋任涛教授团队在国际知名期刊Nature Communications《自然·通讯》上在线发表了题为“Decoding the gene regulatory network of endosperm differentiation in maize”的研究成果。这标志着首次在作物胚乳中实现了单细胞分辨率的转录组...
rowgroupreadtablegenegrouptxtheadertrownames1这是我们相关性热图的行信息可以自己分配我这注释2个信息第一列为基因id信息第二列为我们第一组注释第三列为我们定义的一组注释信息 技术贴R语言:构建一个转录代谢互作调控网络:(二)热图的美化以及大样本分组信息的快速注释 本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理,希望对...