为进一步考察AP2转录因子对于靶基因的调控作用,作者进一步通过基因编辑技术获得了6株AP2基因敲除虫株,并利用RNA-seq分析获得了红细胞期不同阶段的差异转录谱。将每个AP2敲除株的差异转录谱与ChIP-seq靶基因进行整合分析,结果显示:恶性疟原虫...
其实我想画这张图,是scenic分析后转录因子的调控图。 image.png 出自健明大佬分享的教程SCENIC转录因子分析结果的解读 我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。回去找了教程,看到ceRNA调控网络和这个图好像。长这样 image.png 遂打算先学会ceRNA这个图,然后把数据迁移到scenic转录因子。 健明大佬给分享了cytoscape...
第二个步骤是计算转录因子的活性。对每一个找到的差异表达的转录因子，NetAct把其调控的靶向基因成员分成...
其实我想画这张图,是scenic分析后转录因子的调控图。 image.png 出自健明大佬分享的教程SCENIC转录因子分析结果的解读 我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。回去找了教程,看到ceRNA调控网络和这个图好像。长这样 image.png 遂打算先学会ceRNA这个图,然后把数据迁移到scenic转录因子。 健明大佬给分享了cytoscape...
作为一种构建转录因子调控网络的人工智能工具,DeepTFni可以帮助生物医学研究人员透过纷繁复杂的组学观测数据锁定关键的功能分子和通路,从而克服人工推理的局限性,显著提高研究效率。 北京大学李程研究员、清华大学江瑞长聘副教授和中国医学科学院陈阳研究员对于该工作提供的宝贵建议。
作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA...
作为一种构建转录因子调控网络的人工智能工具,DeepTFni可以帮助生物医学研究人员透过纷繁复杂的组学观测数据锁定关键的功能分子和通路,从而克服人工推理的局限性,显著提高研究效率。 北京大学李程研究员、清华大学江瑞长聘副教授和中国医学科学院陈阳研究员对于该工作提供的宝贵建议。
作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA...
图3. DeepTFni从调控网络的角度揭示关键转录因子在MPAL中的作用 结语 综上所述,该工作构建了人类多种细胞的转录因子调控网络,并从中鉴定出造血系统分化和肿瘤发生中的“枢纽”转录因子,从而辨识出细胞状态改变的潜在驱动因素。作为一种构建转录因子调控网络的人工智能工具,DeepTFni可以帮助生物医学研究人员透过纷繁复杂...
作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA...