如果输入的基因不是转录因子,则只会输出调控该基因的转录因子。 本次以BRCA1基因(实际使用请替换成自己感兴趣的基因)、物种选人,作为演示,搜索返回结果会显示:该基因是否可以作为转录因子,Targets and Regulators、Other TFs that share targets with BRCA1、 Diseases / Pathways associated with BRCA1内容,如下: Ta...
ceRNA网络是全转录组分析的核心,有助于缩小筛选范围,挖掘关键基因。ceRNA(即竞争性内源RNA)由Pandolfi等人于2011年提出,是指所有类型的RNA都可以通过microRNA应答元件进行相互作用。ceRNA可以通过竞争性的结合miRNA来调控彼此的表达,如:miRNA可以导致基因沉默,而lncRNA竞争性结合了miRNA,从而影响了miRNA导致基因沉默这一功...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
一、调控基因表达 转录调控网络能调控基因的表达,因为利用DNA结合蛋白,如转录因子和组蛋白修饰因子,它们可定向地与特定DNA序列结合,从而促进或抑制某个基因或一组基因的表达。例如,许多转录因子结合到DNA基因调控区域上,激活与特定功能有关的基因表达。 二、调控细胞分化和发育 细胞分化是一种复杂的过程,涉及大量的基因...
转录调控网络分析可以从不同的角度进行,例如从基因和转录因子的角度,或者从整个网络的角度。在基因和转录因子的角度,一种常用的方法是开展差异表达基因分析。通过对不同条件下基因表达的比较,可以发现与特定生物学过程或疾病相关的基因,并推测其可能的转录调控网络。这种方法可以通过RNA测序技术或DNA芯片技术来实现。 另...
研究团队对罗非鱼的头肾和胸腺组织进行了转录组和染色质可及性联合分析。结果显示，在低温条件下，多个转录因子的表达显著上调，其中包括Stat1和Ap-1。基于这些转录因子的结合评分，研究团队构建了一个以Stat1为中心的转录调控网络。Stat1在低温条件下表现出显著的结合动态，其靶基因与DNA损伤和细胞凋亡密切相关。进一步的...
因此基于基因调控网络(GRNs)的理念被提出,即通过比较某一转录因子上下游基因的表达情况来反推该转录因子的活性。SCENIC作为单细胞转录因子分析的代表软件近些年被广泛使用,但是它使用起来十分笨重,而且可分析的内容有限,因此目前急需新一代的单细胞转录因子分析软件。
图3中,尖锐箭头表示表达增强作用(例如,转录因子调控),平钝箭头表示表达抑制作用(例如,miRNA的作用)。当然,在基因网络中,也存在基因调控自身的自调控的现象。 在实际的调控网络中,还涉及到其他更丰富的信息,例如调控关系的强弱(表达量相关系数的强弱)、调控关系的类型(蛋白-蛋白互作,蛋白-DNA互作)等,所以还会通过调...
为了探索转录调控网络的构成和机制,研究人员正在尝试基于大数据和新技术的方法来建立和研究这个系统。 一、建立转录调控网络的方法 目前,建立转录调控网络的方法大致分为两类:正常基因表达分析和单细胞基因表达分析。正常基因表达分析使用基于基因组范例的大量已有研究数据,以确定哪些基因表达由哪些转录因子调节,以及它们之间...
转录调控网络是一种由调节因子、转录因子和它们的靶基因组成的复杂分子调控网络,它们与疾病的发生和发展有密切关联。本文从转录调控网络的角度出发,探讨它在疾病发生过程中的作用。 一、转录调控网络的概述 转录调控是指基因表达过程中,通过转录因子和其他调控分子调整基因转录的过程。它主要涉及到转录因子的结合、转录...