转录组测序数据分析流程 转录组生物信息分析流程见下图: 这是一个基础的转录组分析流程,包括样品间相关性分析、PCA(主成分) 分析、火山图制作、差异表达基因的筛选、GO/KEGG 富集分析、GSEA 富集分析 、wikipathway富集分析、reactome富集分析、蛋白互作分析、免疫浸润分析等,更多功能还在持续扩展完善中。 2.相关性分析...
RNA测序(RNA- seq)是目前分析基因表达和发现新RNA物种的常用方法。可以用专门的方法来研究cDNA文库的制备解释RNA生物发生和代谢方面的问题。在本研究中,我们综述了目前用于基因表达一般分析的RNA-Seq方法和几个特定的应用,包括亚型和基因融合检测、数字基因表达谱、靶向测序和单细胞分析。此外,我们还讨论了在细胞中检测...
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.1万 生信分析 1/1 创建者:大仁学长 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 11.1万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 4、...
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长读长RNA测序技术(long-read RNA-seq technologies, lrRNA-seq)的兴起引发了对其全面评估的需求。为了评估长读长方法在转录组分析中的有效性,长读长RNA测序基因组注释评估项目(Long-read RNA-Seq Genome Annotation Assessment Project,LRGASP)应运而生。该项目通过使用不同的测序协议和平台,生成了超过4.27亿条来...
通过RNA测序和转录组分析,研究人员能够全面了解基因的表达情况和调控机制,从而深入研究生物体的发育、疾病机制、细胞信号传导以及环境应答等方面。本文将对RNA测序技术、转录组分析技术以及其应用领域进行探讨。 一、RNA测序技术 RNA测序技术是一种通过高通量测序,对生物样本中的RNA分子进行全面、精确的分析的技术手段。它...
短读长(short-read)二代测序是转录组范围基因检测和表达定量最常见方式,其主要原因是它可以获得全面的,高质量的全转录组表达数据。基于Illumina测序平台的转录组表达测序实验(RNA-seq)和分析包含以下核心步骤(以真核mRNA为例):RNA的提取,mRNA的富集、cDNA的合成,接头连接,PCR扩增,上机测序和后期的数据分析(图3)。
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科技日报北京1月16日电 （实习记者张佳欣）近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并...