Q-value，是P-value校正值，P值是统计差异的显著性的。Q值比P值更严格的一种统计。
，这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。
9.attributes:属性。必须要有以下两个值:1)gene_id value:表示转录本在基因组上的基因座的唯一的ID。gene_id与value值用空格分开,如果值为空,则表示没有对应的基因。2)transcript_id value:预测的转录本的唯一ID。transcript_id与value值用空格分开,空表示没有转录本。 需要再次强调的是GTF格式有两个硬性标准:...
p基因富集分析(genesetenrichmentanalysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。一般是高通量实验，如基因芯片，RNA-Seq，蛋白质组学（质谱结果）的后续步骤。
以|log2(fold change)|≥1,显著性Pvalue<0.05为标准,在4个相邻时期比较组合中(A vs B,B vs C,C vs D,D vs E)筛选了差异表达的基因和转录因子.对差异表达基因进行GO及KEGG富集分析发现,每组中差异基因均为注释到代谢过程的最多,且均包含数个类黄酮合成相关的次级代谢物生物合成途径.3.在注释到的差异...
按照差异显著性标准(差异基因表达变化2倍以上且pvalue≤0.05)进行筛选,黄胸散白蚁孤雌卵和两性卵之间的差异基因个数为19153个,上调基因有484个,下调基因有18669个.(2)尖唇散白蚁孤雌卵和两性卵构成的转录组组装获得324454条unigenes.有62253条Unigenes被注释到数据库中,Nr数据库注释到61289条Unigenes;COG数据...
graph_col_df <- data.frame(value = as.character(grad_edge), color = getPalette(length(grad_edge)), stringsAsFactors = FALSE) # Assign color to each edge color_edge <- data.frame(value = as.character(round(edge_importance, 1)), stringsAsFactors = FALSE) %>% ...